Akte X Zeittafel

Vor Millionen Jahren:
 

Eine ölige schwarze Lebensform, bekannt als Black Cancer, die in der Lage ist, nach dem Eindringen in den Körper die vollständige Kontrolle über den Menschen zu erlangen, ist nach Aussagen des Well Manicured Man der ursprüngliche Bewohner dieses Planeten. Ungefähr zu der Zeit gelangen auch einige andere Aliens auf die Erde (Akte X – der Film).

Vor 4 Millionen Jahren:
  Ein Felsstück von der Oberfläche des Mars gelangt zur Erde und schlägt mitten in der sibirischen Region Tunguska ein. Der Stein enthält eine schwarze und ölige Lebensform, die in der Lage ist, in die Menschen einzudringen und deren Aktionen zu bestimmen (Tunguska, Teil 2).
Vor 35.000 Jahren:
 

Im nördlichen Texas stoßen zwei Jäger in einer Höhle auf einen aggressiven Alien, der einen der Jäger töten kann, dann aber selbst das Zeitliche segnet. Aus der Leiche dringt der Black Cancer aus und infiziert den anderen Jäger (Akte X – Der Film).

Ca. 1800:
 

Ungefähr zu dieser Zeit wird eine außerirdische Lebensform in der Gegend des Yukons eingefroren (Gethsemane). Es kann nicht klar gesagt werden, dass diese Information innerhalb der Geschichte des Akte X Universums tatsächlich schlüssig ist. In der Episode selbst bzw. den Fortsetzungen dieses Dreiteilers erhalten die Agenten Hinweise darauf, dass dies alles nur inszeniert sein könnte, um Mulder in eine geschickte Falle zu locken.

1882:
 

Marjorie Butters wird geboren. Im Jahr 2000 ist sie immer noch am Leben und der Raucher führt sie als Beweis dafür an, dass er über Technologie verfügt, die Krankheiten heilen und das Leben verlängern kann (Cobra).

1922:
  Arthur Dales wird geboren.
1925:
  Der Well Manicured Man wird geboren.
1928:
  Bill Mulder wird geboren.
1931:
  Der Raucher wird geboren. Dieses Jahr ist eine Schätzung und bezieht sich auf „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“.
1934:
  Tina Mulder wird ca. in diesem Jahr geboren.
1936:
  Josh Exley wird in Macon, einem kleinen Städtchen im Bundesstaat Georgia geboren. Im Alter von sechs Jahren verschwindet er (Ex).
1942:
  Eine japanische medizinische Einheit, simpel 731 bezeichnet, unternimmt grausame Experimente an hilflosen Menschen. Anführer von 731 ist der Kriegsverbrecher Takeo Ishimaru (Der Zug).
Zur gleichen Zeit, in der das Kind Josh Exley verschwindet, taucht ein Mann selben Namens in Roswell, New Mexico auf. Er wird zu einem Baseballspieler der Cactus League. Tatsächlich ist der Farbige jedoch ein Außerirdischer, der seine Gestalt umwandeln kann. Auf der Erde hat er sich richtiggehend in Baseball verliebt und seine Kameraden, die eine Teilnahme an solchen Spielen nicht schätzen, verlassen. Er spielt jedoch nur in kleineren Ligen, da er nicht zuviel Aufmerksamkeit auf sich und seinen Hintergrund lenken will. Die Außerirdischen schicken einen Kopfjäger, der als Polizist in Macon nach Josh Exley sucht (Ex).
1945:
  Der deutsche Industrielle Strughold verlässt Deutschland und geht nach Tunis (Akte X – Der Film).
Das Projekt „Purity Control“ beginnt. Dazu rekrutieren die USA deutsche Kriegsverbrecher, die im Geheimen mit ihren eugenischen Experimenten fortfahren. das Ziel ist die Schaffung eines menschlich-außerirdischen Hybriden, der gegen den Black Cancer immun ist. Strughold ist Teil des Konsortiums und wird zum Leiter des Projektes. Im Film heißt es, dass die Ereignisse vor 50 Jahren ihren Lauf nahmen, aber es ist anzunehmen, dass die Zahl abgerundet wurde, da man bereits 1945 in dem Zweiteiler „Der Feind“ auf den Black Cancer stieß (Akte X – Der Film).
Früher August 1945:
  Eine B-29 transportiert eine Atombombe, stürzt aber zwischen Hawaii und den Aleuten ab, nachdem sie eine Begegnung mit einem UFO hatte, das diese Begegnung ebenfalls nicht überstanden hat und abstürzte. Ein U-Boot der Vereinigten Staaten, die Zeus Faber, wird ausgesandt, um den Absturzort des Flugzeuges ausfindig zu machen. Als man sich der Stelle nähert, beginnt der Schrecken. Die Crew erleidet Strahlenverbrennungen und Captain Sanford wird von einer außerirdischen Lebensform übernommen. Diese scheint dieselbe ölige Lebensform zu sein, die vor Millionen von Jahren in Russland aufgetaucht ist. Dem ersten Offizier Johansen gelingt es, Sanford einzusperren. Dieser wird von einigen Mitgliedern seiner Besatzung umgebracht. Johansen bringt die Zeus Faber nach Pearl Haber. Dort stellt sich heraus, dass von den 144 Männern an Bord nur sieben überlebt haben. Das UFO und die B-29 bleiben auf dem Grund des Meeres. Ob die außerirdische Lebensform an Bord der Zeus Faber ihr feuchtes Grab verlassen konnte, ist nicht völlig klar (Der Feind, Teil 1 und 2).
1946:
 

Die Akten der unerklärbaren Fälle, die bisher unter U abgelegt waren, weiten sich nun aufgrund ihrer schieren Menge auf X aus, da dort noch jede Menge Platz vorhanden ist. Für die Schaffung der X-Akten ist somit eine Sekretärin in gewissem Sinne verantwortlich (Gute Patrioten).

29. Juni bis 02. Juli 1947:
  Einer der Brüder Arthur Dales, jedoch nicht derjenige, der für das FBI arbeitete und den Mulder im Jahr 1989 kennen lernte, arbeitet bei der Polizei in Roswell. Er erhält den Auftrag, Josh Exley zu beschützen, da man Angst hat, dass Rassisten versuchen könnten, den Baseball weiß zu halten und gegen den Farbigen vorgehen könnten. Dabei findet Dales heraus, dass Exley ein Außerirdischer ist, kann aber nichts ausrichten, als der Kopfjäger schließlich sein Opfer findet und zur Strecke bringt (Ex).
1947:
  In Roswell, New Mexico, findet der Absturz eines UFOs statt. Das Militär wird später behaupten, dass dies lediglich ein abgestürzter Wetterballon war, was letztlich sogar die Wahrheit ist. Deep Throat, Mulders erster Informant, erklärt seinem Schützling, dass Roswell nur ein Ablenkungsmanöver war und es zwischen 1947 und 1994 ein halbes Dutzend wirklicher Gelegenheiten gab (Das Labor).
  Im selben Jahr fand auch ein geheimes Treffen zwischen Repräsentanten vieler Nationen statt. Während dieses Treffens kommt man überein, dass jede Nation dazu verpflichtet ist, Überlebende eines UFO-Absturzes zu liquidieren (Täuschungsmanöver).
  Später wird bekannt, dass diese Vorgehensweise in der Security Council Resolution 1013 festgelegt wurde (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).
1949:
 

Melvin Frohike wird geboren.

1950:
  Ungefähr zu jener Zeit werden Bill Mulder und Alvin Kurtzweil für das Projekt rekrutiert. Kurtzweil verlässt das Projekt bald wieder und beginnt Weltuntergangsbücher zu schreiben, die aber niemand ernst nimmt. Bill Mulder arbeitet weiterhin für das Projekt, sucht aber im Geheimen verzweifelt nach einer Möglichkeit, die Menschheit vor der außerirdischen Bedrohung zu retten (Akte X – Der Film).
1952:
 

Edward Skur und zwei weitere Veteranen des zweiten Weltkrieges wird eine Operation wegen alter Verwundungen nahegelegt. In Diensten der US-Regierung experimentieren aber tatsächlich deutsche Wissenschaftler an den Männern und transplantieren lebende Organismen in die Körper der Männer. Diese Wesen treten gelegentlich aus dem Mund aus dem Körper heraus und können andere töten. Als Edward Skur seiner Lage bewußt wird, plant er Rache (Gute Patrioten).

Mitglieder der Verschwörung unterwandern die HUAC (House Unamerican Activities Committee), das Komitee für unamerikanische Aktivitäten (Gute Patrioten).
24. Juni 1952:
 

Die Agenten Dales und Hayes Michael verhaften Edward Skur, weil er nicht vor der HUAC erschienen ist. Später wird behauptet, Skur habe sich im Gefängnis erhängt, aber Dales trifft später noch einmal auf den Mann. Dabei erkennt er auch, dass mit Skur etwas nicht stimmen kann und ein eigenartiges Wesen aus seinem Rachen ausdringt. Dales erstellt natürlich einen Bericht über den Vorfall, aber ihm wird von Mr. Cohn, einem Mitglied der HUAC nahegelegt, diesen noch einmal abzuändern, da er doch ein guter Patriot sein und nicht in die Mühlen der HUAC geraten wolle.

Wenig später kann sich Dales aber nicht mehr zurückhalten. Er stößt auf die Leiche eines deutschen Wissenschaftler und findet am Tatort eine Nachricht. Diese stammt von Bill Mulder. Als er sich mit ihm trifft, erfährt er, dass Skur und zwei andere Männer keine Kommunisten, sondern echte Patrioten sind, die Opfer einer Verschwörung wurden. Das Ziel war die Fortsetzung von Experimenten, die deutsche Wissenschaftler bereits zu Zeiten des Zweiten Weltkrieges an gefangenen vorgenommen hatten. Skur will nun Rache und bekommt diese wenig später als er Dales Partner tötet, da er inzwischen überzeugt ist, dass auch die beiden Teil der Verschwörung sind.
Kurz darauf kommt Dales dem Geheimnis auf die Spur. Bei einer weiteren Leiche wird ein lebender Organismus, der in den Mann eingepflanzt wurde, entdeckt. Er fährt zu Mrs. Skur und beschuldigt sie, zu wissen, dass ihr Mann noch lebt. Unverrichteter Dinge geht Dales aber wieder und Mrs. Skur wird zu einem weiteren Opfer ihres Mannes. Daraufhin wird Dales vor J. Edgar Hoover zitiert, der ihm eine letzte Chance gibt. Er soll Skur treffen und dabei ein Mikrophon tragen. Begleitet wird er auch von Mulder, der Dales von Anfang an benutzt hat. Als sich Dales alleine mit Skur trifft, erklärt ihm dieser, dass man Dales zum Abschuss freigegeben hat und er sein nächstes Opfer werden soll. Dales kann aber entkommen (Gute Patrioten).
Skur gerät in die Gefangenschaft der Verschwörung, wird aber bald daraus befreit (Gute Patrioten).
Dales macht sich weiter unbeliebt, woraufhin seine Karriere einen starken Knick macht, von dem sie sich nicht mehr erholt. Dies ist lediglich eine Vermutung, basiert jedoch auf den Verhältnissen, in denen Dales zu Beginn der 90er Jahre lebt. Möglicherweise war er zu seiner Zeit eine Art Fox Mulder, dabei aber weniger erfolgreich.
1953:
  Circa in diesem Jahr beginnt die Verschwörung namens Majestic mit der Nutzung von Antriebssystemen, deren Technik offensichtlich aus dem abgestürzten UFO in Roswell im Jahr 1947 stammt. Dieser Antrieb krümmt Raum und Zeit und sorgt mitunter für verheerende Wirkungen (Dreamland).
19. August 1953:
  Der letzte Überlebende der Zeus Faber wird von William Mulder und dem Raucher interviewt. Sie wollen von dem Mann wissen, ob er glaube, dass dieses Öl eine Lebensform gewesen sei. William Mulder und der Raucher werden von einem dritten, namenlosen Mann begleitet. Obwohl es keine Bestätigung hierfür gibt, ist anzunehmen, dass dieser geheimnisvolle dritte Deep Throat ist. Eine weitere Möglichkeit wäre allerdings auch der Well Manicured Man (Der Feind, Teil 2).
Obwohl das Alter der Charaktere des Rauchers und Bill Mulder empfehlen, dass dieses Datum eher falscher Natur ist und die geschilderten Ereignisse 1964 stattgefunden haben, wobei sie dann auch mit den umstrittenen „Fakten“ aus „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“ zusammenpassen würden. Dass dem aber nicht so ist, zeigt die Episode „Gute Patrioten“ aus der fünften Staffel, in der Mulders Vater bereits 1952 an der Verschwörung beteiligt ist. Damit wird auch endgültig klar, dass Carter die in „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“ genannten Ereignisse als nicht offiziell ansieht und allenfalls gewisse Teile hiervon in seiner Mythologie toleriert.
1961:
 

Zu diesem Zeitpunkt etwa beginnt die Zusammenarbeit von Deep Throat und dem Raucher auf großer Linie (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers). In der Episode erwähnt Deep Throat am 24.12.1991, dass die beiden seit nunmehr 30 Jahren miteinander gearbeitet haben.

13. Oktober 1961:
  Fox Mulder wird als erstes von zwei Kindern geboren. Seine Familie lebt in Chilmark, Massachusetts. Die Familie besitzt auch ein Sommerhaus in Quonochontaug, Rhode Island. William Mulder arbeitet bereits für die Verschwörung (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers / Verschwörung des Schweigens). 
30. Dezember 1962:
  Der Raucher, ein verdienter Captain der US-Armee, wird von der Verschwörung angeworben und auf seinen ersten Auftrag vorbereitet (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).
1963 / 1964:
 

Diana Fowley wird geboren. Sie ist Mitte 30, weswegen eine genauere Zuordnung nur schlecht möglich ist.

22. November 1963:
  Der Raucher erschießt den Präsidenten John F. Kennedy und zündet sich danach seine erste Zigarette an. Als Sündenbock muss Lee Harvey Oswald herhalten, bei dem der Raucher geholfen hat, ihn als Schuldigen aufzubauen (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers). Obwohl dieser erste Auftrag des Rauchers im Widerspruch zu den Ereignissen des 19. August 1953 in der Episode „Apocrypha“ stehen, ist dies die weit plausiblere Erklärung, da sie auch eher mit dem Alter des Rauchers und Bill Mulder zusammen passt. Zudem sagte der Raucher in „One Breath“, er habe Präsidenten sterben gesehen, was mit dieser Episode sehr schön in Einklang steht. Wie bei allen Ereignissen aus dieser Episode kann man nie ganz sicher sein, was der Wahrheit entspricht, da es sich hier ja nur um die Version handelt, von der Frohike glaubt, dass sie korrekt ist. Ob der Lone Gunman allerdings tatsächlich die Wahrheit hat aufdecken können, ist freilich fraglich. Im großen und ganzen lässt sich aber sagen, dass gewisse Teile dieser Episode wie bzw. die geschilderte Ermordung des Präsidenten äußert gut in d9ie Akte X Geschichte hineinpassen und von daher wohl als legitimer und wahrer teil angesehen werden können. Wahrscheinlich wird es so sein, dass bei jeder dieser Erzählungen innerhalb von „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“ ein Körnchen Wahrheit enthalten ist.
23. Februar 1964:
  Dana Katherine Scully wird als eines von vier Kindern geboren. Ihre Eltern sind William und Margaret Scully.
1965:
 

Takeo Ishimaru stirbt. Dies ist aber nur ein Cover-up, da im Geheimen daran arbeitet, menschliche und außerirdische DNS zu kombinieren. Die Verschwörung, für die er nun arbeitet, bringt ihn nach Perkey, Wes Virginia. Als Dr. Shiro Zama arbeitet er nun an der Hansen´s Disease Research Facility. Bei seinen Experimenten erleiden einige seiner Patienten ernste Verbrennungen und schlimmere Verletzungen (Der Zug / Die Autopsie).

1967:
  Cassandra Spender wird das erste Mal von Außerirdischen entführt (Cassandra, Teil 1).
  Marita Covarrubias wird geboren.
  Ringo Langley wird etwa zu dieser Zeit geboren.
04. April 1968:
  Der Raucher hat sich inzwischen innerhalb der Verschwörung hochgearbeitet. Hochrangige Männer des öffentlichen Lebens, darunter der FBI-Direktor Edgar J. Hoover, müssen ihm Rede und Antwort stehen. Er beschließt, dass die Reden von Dr. Martin Luther King zu gefährlich werden und es deshalb an der Zeit ist, ihn zu liquidieren. Da der Raucher zuviel Respekt vor diesem Mann hat, lässt er nicht einen seiner Lakaien handeln, sondern übernimmt den Job selbst (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers). Während der Raucher an einer Geschichte schreibt, kann man zwei Namen erkennen, die vielleicht einen Anhaltspunkt auf seinen echten Namen geben: Jake Colquitt und Raul Bloodworth.
1969:
  Ein UFO wird über Hanoi gesichtet. Das US-Militär versucht, es abzuschießen. Deep Throat ist zu jener Zeit Angehöriger der CIA (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).
  Bei dem Absturz des UFOs wird einer der Außerirdischen lebend in Gewahrsam genommen. Entsprechend der Resolution kommt Deep Throat zu der zweifelhaften Ehre, einer von drei Männern zu sein, die einen Außerirdischen liquidiert haben.
  Möglicherweise hat Deep Throat aber auch die Fakten nicht mehr völlig korrekt im Kopf. In „Täuschungsmanöver“ erzählt er Mulder von diesem Vorfall während seiner Zeit in Vietnam, aber in „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“  wird die Tötung des Außerirdischen in das Jahr 1991 verschoben. Möglich ist aber auch, wie bei allem, was Informationen aus „Gedanken des geheimnisvollen Rauchers“ beinhaltet, dass diese zu großen Teilen einfach nicht wahr sind. Wägt man die verschiedenen Informationen in Hinblick auf ihre Bedeutung für andere Teile dieser Chronologie ab, so ist tatsächlich 1969 das wahrscheinlichere Datum.
1972:
  Duane Barry wird in Ausübung seiner Pflicht als FBI-Agent in den Kopf geschossen. Er überlebt, aber von nun an hat er ernste mentale Probleme. Später kommt er zu der Überzeugung, dass er das Opfer wiederholter Entführungen durch Außerirdische geworden ist. Seine Familie verlässt ihn (Unter Kontrolle).
Oktober 1973:
 

Der Serienkiller John Lee Roche arbeitet als Vertreter für Staubsauger. Später betreibt er mit Mulder ein hässliches Spiel, bei dem er ihn glauben lässt, dass er Samantha entführt und getötet hat. Da Mrs. Mulder einen von John Lee Roche exakt beschriebenen Staubsauger besitzt und er zu jener Zeit in der Gegend um Martha´s Vineyard zu tun hatte, ist es möglich, wenngleich auch nicht sehr wahrscheinlich, dass Samantha tatsächlich ein Opfer dieses Mannes geworden ist (Die Sammlung).

13.Oktober 1973
  Es wird klar, dass die Außerirdischen, die die Erde besuchen, den Plan haben, diese zu kolonisieren und dafür die Menschheit auslöschen wollen. Irgendwie kommt es jedoch dazu, dass ein Dialog zwischen den Außerirdischen und der Verschwörung stattfindet. Dabei stimmen die Außerirdischen, die Kolonisation noch um einige Jahre zu verzögern, womit das Konsortium die Möglichkeit hat, einen Weg zu finden, wie der Schwarze Krebs verteilt werden kann und wie Alien-Mensch-Hybriden geschaffen werden können, die letztlich gegen die Wirkung des Schwarzen Krebs immun sind. Die Mitglieder des Konsortiums, das auch als Syndikat bekannt ist, stimmen darüber ab, ob man mit den Außerirdischen zusammenarbeiten soll, wodurch man die zeit erhält, an einem Impfstoff gegen den Schwarzen Krebs zu arbeiten. Mit Ausnahme von Bill Mulder stimmen alle zu. Bill Mulder möchte die ganze Menschheit retten und beginnt ein Projekt, das unter Nutzung des außerirdischen Fötus das Ziel hat, einen Impfstoff für jedermann zu schaffen.
Der Pakt mit den außerirdischen Kolonisten sieht jedoch vor, dass jedes Mitglied des Konsortiums einen geliebten Menschen weggeben muss, der in Gewahrsam der Außerirdischen gelangt. Erst wenn die Kolonisation beginnt, werden sie ihre Lieben wiedersehen, wobei dann sämtliche Mitglieder des Konsortiums zu Hybriden umgewandelt werden sollen, um so den Einsatz des Schwarzen Krebs unbeschadet zu überstehen.
Mit der Zeit scheint es immer unwahrscheinlicher zu werden, dass ein Impfstoff entwickelt werden kann, weswegen manche des Konsortiums zu der Überzeugung kommen, es sei besser, in Sklaverei zu leben als in Freiheit zu sterben. Da sie als Kollaborateure einem relativ gutem Leben entgegensehen, hätten sie auch nicht allzu viel zu befürchten. Andere Mitglieder des Konsortiums arbeiten jedoch weiterhin am ursprünglichen Plan (Zwei Väter / Ein Sohn).
27. November 1973:
 

Samantha Mulder, Fox Mulders Schwester, verschwindet spurlos. Während ihre Eltern außer Hauses sind, wird sie in Anwesenheit ihres Bruders entführt (Kontakt).

Durch die Kassette, die während einer Hypnose von Fox Mulder aufgenommen wurde, erfährt man, dass Mulder nicht nur während der Entführung seiner Schwester körperlich gelähmt war, sondern auch eine Stimme in seinem Kopf hörte. Diese Stimme versuchte ihn zu beruhigen und sagte, dass er Samantha eines Tages wieder zurückbekommen würde (Signale).
Mulder glaubt, dass seine Schwester von Außerirdischen entführt worden ist. Das Verschwinden der Tochter sorgt dafür, dass die Familie zerbricht. Mr. und Mrs. Mulder lassen sich scheiden. William Mulder wird das Haus später verkaufen und nach West Tisbury umziehen. Fox Mulder erfährt später, dass sein Vater ein Mitglied der Verschwörung und das Verschwinden seiner Schwester nicht nur ein Zufall war. Um den Mitwisser an den düsteren Dingen der Verschwörung davon abzuhalten, an die Öffentlichkeit zu gehen, fordern seine Kollegen ein Faustpfand ein.
  William Mulder hatte ursprünglich beabsichtigt, dass seine Frau die Wahl zwischen Fox und Samantha treffen sollte, aber diese konnte es nicht. Also musste sich William selber entscheiden und seine Frau hasste ihn dafür noch über den Tod hinaus.
  Eine bereits für Fox vorbereitete Akte innerhalb eines riesigen Komplexes, der Millionen von Akten enthielt, deutet darauf hin, dass es eigentlich Fox gewesen ist, der entführt werden sollte. Über den Grund, warum sich sein Vater dann doch für Samantha entschieden hat, ist nichts weiter bekannt. Denkbar ist, dass ihm diese Entscheidung von seinen früheren Kollegen vielleicht vollständig abgenommen wurde. Andererseits könnte er sich für seinen Sohn entschieden haben, da er den Verdacht hegte, dass Samantha vielleicht gar nicht seine Tochter ist. Andererseits gibt es auch gewisse Hinweise darauf, dass William Mulder nicht unbedingt der biologische Vater von Fox ist (Anasazi / Das Ritual /  Verschwörung des Schweigens).
  Cassandra Spender wird von Außerirdischen entführt. Dies geschieht wiederholt, wobei ihr Mann, C.G.M. Spender alias der Raucher, dahinter zustecken scheint, da an ihr Experimente durchgeführt werden, die einen erfolgreichen Alien-Mensch-Hybriden ergeben soll.
  Samantha wird im Gegensatz zu den Geiseln, die die anderen Mitglieder des Konsortiums den Kolonisten übergeben, erst später an die Außerirdischen ausgeliefert.  Der Grund hierfür ist, dass Bill Mulder erst spät zu Sinnen kam (Zwei Väter / Ein Sohn).
  Samantha Mulder verschwindet. Wie der Well Manicured Man erklärt, allerdings nur in der Langfassung des Films (Akte X - Der Film), glaubt Mulders Vater, dass der Sieg gegen die außerirdischen Kolonisten darin besteht, zu überleben. Samantha wurde entführt, da sie bei einem Klonprogramm die nötige Immunität erlangen sollte, um zu überleben. Bill hoffte auch, dass Fox die Wahrheit über das Projekt aufdecken und alles Menschenmögliche tun würde, um es zu stoppen (Akte X - Der Film).
1976:
  Darius Michaud beginnt seine Anstellung beim FBI (Akte X - Der Film).
1977:
   Cassandra Spender wird zum Mitglied eines UFO-Kultes (Patient X, Teil 1).
13. Juni 1978:
  Morris und Joanne Fletcher heiraten. Morris wird schließlich zu einem typischen Klischee-Man-In-Black und arbeitet in Area 51, ist aber enttäuscht, wie wenig aufregend dieses Leben doch eigentlich ist (Dreamland).
1986:
  Fox Mulder beendet seine Ausbildung in Oxford und kehrt in die USA zurück (Die unüblichen Verdächtigen).
  Etwa zu jener Zeit lernt Mulder Diana Fowley kennen (Das Ende).
  Die Lone Gunmen setzen diesen Zeitraum in etwa fest, als sie erklären, dass die beiden zu der Zeit, zu der Mulder die FBI Akademie abschloss, ein Paar waren. Fowley selbst deutet an, dass sie beide 1991 ein engeres Verhältnis hatten. Denkbar ist, dass beide von 1986 bis 1991 zusammen waren, wobei sogar eine Ehe nicht ausgeschlossen ist.
1987:
  Einer Gruppe von Schulkindern wird ohne das Wissen ihrer Eltern geklonte außerirdische DNS injiziert (Das Labor).
1988:
  Mulder wird der Abteilung für Gewaltverbrechen zugewiesen und beginnt damit, Profile von Serienkillern zu erstellen (Die unüblichen Verdächtigen).
Mai 1989:
  Die Lone Gunmen Byers, Frohike und Langly treffen sich das erste Mal. Sie tun sich zusammen, um der Wissenschaftlerin Suzanne Modeski zu helfen. Diese hat ein Nervengas hergestellt, das Furcht und Paranoia auslöst und nun vom Militär an unschuldigen Zivilisten getestet werden soll. In einem Lagerhaus treffen die vier auch auf Mulder und einige Mitglieder der Verschwörung. Bei einem Schusswechsel wird Gas freigesetzt und Mulder davon schwer irritiert. Als Mr. X die Szene betritt, sorgt er dafür, dass alles aufgeräumt wird. Die Lone Gunmen entlässt er mit der Warnung, sich zu benehmen. Mulder bleibt als wimmerndes Päckchen Elend zurück.
  Wenig später wird Suzanne Modeski entführt. Byers, Frohike und Langly gründen eine Gruppe und geben das Magazin "The Lone Gunmen" heraus, dessen Name Mr. X unfreiwillig beigesteuert hat. Mulder und die Lone Gunmen werden Freunde (Die unüblichen Verdächtigen).
  Nachdem Suzanne Modeski vor den Augen der Lone Gunmen entführt worden war, wurde offensichtlich einer Konditionierung unterzogen. In Grant Ellis, einem Angestellten von Advanced Weapons Facility, erhält sie jedoch Hilfe. Mit der zeit verlieben sich beide in einander (Suzanne).
16. Juni 1989:
  Mulder wendet sich an Dr. Heitz Werber. Mit Hilfe einer Regressionstherapie möchte er Licht auf die Entführung seiner Schwester werfen. Dabei erinnert er sich an eine Stimme, die ihm versicherte, das Samantha nichts passieren und sie eines Tages zurückkehren würde (Gezeichnet / Signale).
1990:
  Dieses Datum ist nur eine Schätzung. Ebenso gut könnten sie im folgenden geschilderten Ereignisse auch einige Jahre früher in Gang gesetzt worden sein.
In Russland entdecken Geologen den bei Tunguska heruntergekommen Meteoriten. Darin enthalten ist natürlich auch die außerirdische Lebensform, die man fortan "Black Cancer" nennen wird. Die Russen beginnen mit der Arbeit an einem Impfstoff, der diesen Black Cancer besiegen kann. Wenig später muss die Verschwörung von den Bemühungen der Russen erfahren haben. Man beginnt damit, einen Plan auszuarbeiten, mit dem man in den Besitz eines Stückes des Originalsteins und einer Probe der außerirdischen Lebensform gelangt.
Dr. Bonita Chung-Sayre, eine Virologin und Ärztin, beginnt mit einer Reihe von Experimenten an den Insassen einiger Sanatorien. Sie und der Well Manicured Man verlieben sich ineinander. Diese Beziehung ist zu beiderseitigem Vorteil und hilft auch der Verschwörung. Dr. Chung-Sayre ist dafür verantwortlich, dass die letzten Proben von Pockenviren nach der Vernichtung der Krankheit selbst, entsorgt werden. Dies folgt aus dem Wissen, dass die Verschwörung Pockenviren für ihre Pläne benutzt (Tunguska, Teil 1 und 2).
17. November 1990:
  In Edward Skurs Wohnung wird eine Leiche gefunden und als dieser einen Polizisten angreift, wird er erschossen. Sein letztes Wort lautet "Mulder" (Gute Patrioten).
20. November 1990:
  Mulder sucht Arthur Dales auf, um mehr über Skur und seine Verbindung zu seinem Vater zu erfahren. Nach einigen Hin und Her beginnt Dales damit, Mulder von den Ereignissen im Jahr 1952 zu erzählen (Gute Patrioten).
  Zu jener Zeit war Mulder auch verheiratet, obwohl nicht ganz schlüssig ist, mit wem oder wie lange (Gute Patrioten).
  In dieser Episode trägt er einen Ehering. Es ist möglich, dass er mit Diana Fowley verheiratet war, da sich beide zu jener Zeit bereits einige Jahre kannten und wohl auch liebten.
1990 / 1991:
  Mulder wird auf die X-Akten aufmerksam, nachdem er die Geschichte von Arthur Dales gehört hat (Gute Patrioten).
1991:
  Dieses Datum ist nicht gesichert. Möglich wäre auch noch 1992:
  Etwa zu jener Zeit erlangt die Verschwörung die Technologie, die nötig ist, um Alien-Mensch-Hybriden zu schaffen. Zuvor war es nicht möglich, die DNS beider Spezies zu verbinden. Bei Zeus Storage, in Washington gelegen, wurden die ersten Hybriden geschaffen. Dies waren sechs Freiwillige, die an tödlichen Krankheiten litten. Dr. William Sakar erholt sich durch die Behandlung mit der außerirdischen DNS und entwickelt neben außergewöhnlicher Stärke auch die Fähigkeit, unter Wasser zu atmen. Zudem ist sein nun grünes Blut für Menschen giftig (Das Labor).
  Zu dieser Zeit wurde während des Golfkrieges der Black Cancer als biologische Waffe eingesetzt. Für diese Behauptung des wenig glaubwürdigen Militaristen Timothy Edward Mayhew gibt es aber keine Anhaltspunkte. Viel eher ist anzunehmen, dass er sich Mulder und Scully gegenüber mit seinem geringen Wissen nur wichtig machen wollte (Tunguska, Teil 2).
24. Dezember 1991:
 

Die Verschwörung wird erstmals auf Mulder, der es geschafft hat, die X-Akten wieder zu öffnen, aufmerksam. Der Raucher will ihn selbst im Auge behalten (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).

In West Virginia stürzt ein UFO ab und ein überlebender Außerirdischer wird geborgen. Deep Throat erinnert sich, dass dieses UFO den Ausmaßen eines UFOs entspricht, das in Hanoi gesichtet, aber nicht abgeschossen werden konnte.
Da die Russen, die Chinesen, die Briten und die Deutschen von dem UFO wissen, ist es unumgänglich, dass man sich an die Resolution hält und den Außerirdischen exekutiert. Deep Throat und der Raucher könnten beide den Außerirdischen eliminieren, aber letztlich tut es Deep Throat. Nicht jedoch, bevor er zum Raucher gesagt hat, dass er eigentlich der Lügner und sein Gegenüber der Killer ist (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).
Die hier geschilderte Story passt so überhaupt nicht in das bisher gezeigte Bild der Akte X. Die Tötung des Außerirdischen passt nur insofern, da die Gewissensbisse, die Deep Throat dazu getrieben haben, Mulder zu helfen, hier natürlich etwas glaubwürdiger sind. Immerhin hätte er bei der Tötung des Aliens im Jahre 1969 ziemlich lange gedauert, bis sich sein Gewissen zeigte. Auf der anderen Seite war natürlich auch kein Mulder in Sicht, den er für seine eigene Buße hätte benutzen können. Vor allem die Darstellung des Rauchers und seiner Motivationen in diesem Abschnitt der Geschichte scheinen nicht recht zu passen. Deshalb darf man hier davon ausgehen, dass die gebotenen Informationen nur ein Körnchen der Wahrheit enthalten. Wahrscheinlicher ist, dass die Ermordung des Außerirdischen tatsächlich so stattgefunden hat, nur eben viele Jahre früher in Hanoi. Übrigens nennt der Raucher Deep Throat bei seinem Vornamen: Ronald.
07. März 1992:
  Mulder erhält eine Partnerin, Dana Scully, deren Aufgabe auch darin besteht, ihn im Auge zu behalten und die gemeinsamen Fälle mit den Augen der Wissenschaftlerin zu sehen. Bei ihrem ersten Fall in Oregon entdecken sie eine Leiche, die nicht sehr menschlich aussieht. Die Leiche verschwindet aber und als einziger Beweis bleibt ein Implantat, das Scully aus der Nase des Leichnams entfernt hat.
Außerdem verschwinden einige Schüler auf eigenartige Weise oder versterben. Der Verdächtige ist ein im Koma liegender junger Mann, der vielleicht von Außerirdischen gesteuert wird. Am Ende gerät das Implantat in den Besitz des Rauchers, der es in einem großem Lagerraum des Pentagons verstaut (Gezeichnet).
Während ihres ersten Treffens werden Mulder und Scully vom Raucher mit Hilfe einer Wanze belauscht (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).
1992:
  Mulder und Scully ermitteln in einem Fall, der auf der Ellens Air Force Base stattfindet. Dort war einer der Testpiloten lange verschwunden und leidet nun an einer Art posttraumatischem Stress. Von Deep Throat, der sich zu jener Zeit mit Mulder bekannt macht, wird er gewarnt, diesen Fall besser nicht anzugehen. Der Mann berichtet Mulder auch, dass Außerirdische bereits seit sehr langer Zeit diese Welt besuchen. Natürlich lässt Mulder den Fall nicht ruhen. Er vermutet, dass die Air Force ein Flugzeug testet, das auf der Technologie eines UFOs beruht.
Das UFO selbst hat eine dreieckige Form und erinnert von daher an jenes, das Deep Throat 1969 in Hanoi gesehen hat, bzw. 1991, sofern man dieser Information trauen will. Für Mulder und Scully wird klar, dass die Verschwörung in der Lage ist, gezielt Erinnerungen aus dem menschlichen Gehirn zu löschen (Die Warnung).
1993:
 

Ein UFO stürzt in Wisconsin ab. Obwohl der Öffentlichkeit erzählt wird, dass ein Zug mit toxischer Fracht verunglückt ist. Mulder glaubt dies natürlich nicht und untersucht die Gegend selbst. In der Gegend ist auch ein unsichtbarer Außerirdischer unterwegs, der sich seiner Haut erwehrt, in dem er Gegnern üble Strahlenverbrennungen zufügt. Deep Throat verhindert eine Schließung der X-Akten.

Max Fenig, ein Mitglied der UFO-Organisation NICAP, wird im Verlauf der Ereignisse entführt, taucht später aber wieder auf (Gefallener Engel / Tempus Fugit, Teil 1).
Mulder und Scully bekommen es das erste Mal mit Klonen zu tun. Hierbei handelt es sich um zwei kleine Mädchen, die die letzten Überbleibsel eines Regierungsprojektes sind (Eve).
1994:
 

Die Verschwörung lässt ein abgeschossenes UFO mit einem Truck quer durchs Land schaffen. Mulder und Scully jagen den Truck hinterher. Nach einem Kontakt mit Deep Throat erkennt Mulder, dass sein Informant ihn diesmal angelogen hat. Trotzdem gelingt es den beiden Agenten, den Zielort des Trucks aufzuspüren. Dort trifft Mulder auch wieder auf Deep Throat, der ihm nur mitteilt, dass der Außerirdische bereits tot ist. Ohne einen Schritt weitergekommen zu sein, kehren Mulder und Scully wieder zu ihrer Arbeit zurück.

Zu jener Zeit lernt Scully die paranoiden Herausgeber des „Magic Bullet Newsletter“ kennen, die drei Lone Gunmen Frohike, Byers und Langley (Täuschungsmanöver).

08. Mai 1994:

  Dr. Sakar flieht vor den Männern der Verschwörung. Ihm ist klar geworden, dass man ihn nicht am Leben lassen wird, da seine Existenz gefährlich für die Männer in den Schatten werden könnte. Deep Throat macht Mulder auf diese Vorgänge aufmerksam und erklärt, dass die außerirdische DNS schon seit 1947 vorhanden ist, aber die Technik für die Kombinierung beider Spezies erst vor kurzem erlangt wurde.
Sakar wird schließlich getötet und Mulder vom Crew-Cut Man entführt. Deep Throat handelt einen Austausch aus: Einen Alienfötus gegen Mulder. Nur durch Scullys Hilfe gelingt es, den Alienfötus an sich zubringen. Der Austausch findet statt, aber der Crew-Cut Man erschießt Deep Throat (Das Labor).
21. Mai 1994:
 

Mulder wird von Assistant Director Walter Skinner informiert, dass die Abteilung der X-Akten auf Befehl von ganz oben geschlossen wird. Scully wird zur FBI-Akademie in Quantico versetzt, während Mulder mit einigen lausigen Arbeiten abgespeist wird.

Der Raucher ist nun im Besitz des Alienfötus und verstaut ihn in einer riesigen Lagerhalle innerhalb des Pentagons (Das Labor).
02. November 1994:
  Emily wird geboren. Sie ist Scullys Tochter, wird jedoch von den Sims adoptiert (Emily, Teil 1).
1994:
  Mulder erhält von Senator Matheson, einem seiner Gönner, Informationen über einen möglichen Kontakt. Er macht sich nach Puerto Rico auf. Dort versucht er im Arecibo Observatorium Daten zu finden, die eine solche Möglichkeit bestätigen. Seine Bemühungen werden aber durch ein UFO Recovery Team vereitelt. Mulder benutzt des öfteren das Pseudonym George Hale, um so unerkannt bleiben zu können (Kontakt).
  Ein Mann, der nur als Mr. X bekannt ist, trifft sich mit Mulder. Er war wie Mulder ein Protegé von Deep Throat (Schlaflos).
Mulder erhält mit dem jungen Agenten Alex Krycek einen neuen Partner. Obwohl Mulder dies nicht sofort bekannt wird, arbeitet Krycek in Wirklichkeit für die Verschwörung und den Raucher (Schlaflos).
Oktober 1994:
 

Duane Barry entführt Scully, weil er glaubt, dass er sich bei den Außerirdischen freikaufen kann, wenn er ihnen einen Ersatz für sich selbst besorgt (Duane Barry).

Nachdem Krycek nun mehr oder minder offen Mulder und das FBI verraten hat, verschwindet er. Skinner eröffnet die X-Akten wieder und zeigt damit deutlich, dass er auf Mulders Seite steht (Seilbahn zu den Sternen).
November 1994:
  Nach einigen Wochen taucht Scully wieder auf. Sie wird, im Koma liegend, in einem Krankenhaus eingeliefert. In ihrem Blut finden sich Proteinketten, die ganz klar verzweigte DNS enthalten.
Mulder kontaktiert Mr. X, der ihm nicht nur sagt, dass er vor nicht all zu langer Zeit in derselben Position wie Mulder war und damit klarmacht, dass es auch Mulders Schicksal sein könnte, eines Tages zu einem Mitglied dieser Verschwörung zu werden, sondern ihm auch die Möglichkeit zur Rache an den Männern, die Scully das angetan haben, bietet.
Mulder erhält von Skinner auch den Aufenthaltsort des Rauchers. Von ihm will er wissen, wie er Scully helfen kann, erhält aber keine Antwort. Als Mulder die Waffe auf ihn richtet, meint dieser nur: „Ich habe Präsidenten sterben gesehen“, was zumindest Teile des Werdeganges des Rauchers in bezug auf das Attentat auf JFK glaubwürdig erscheinen lässt. Letztendlich liegt es an Scully eigenem Lebenswillen, der noch das einzige ist, das über Leben und Tod entscheiden wird. Mulder gibt die  Chance zur Rache auf, um bei Scully zu sein und erlebt mit, wie diese aus dem Koma erwacht (An der Grenze).
14. November 1994:
 

Während Mulder und Scully den Fall eines Frauenmörders untersuchen, erlebt Scully die mentalen Auswirkungen ihrer Entführung. Sie sucht schließlich eine Psychologin des FBI auf (Todestrieb).

1994:
  In Delta Glen, Wisconsin, injiziert Dr. Larson einigen Jugendlichen und Tieren außerirdische DNS. Mulder und Scullys werden auf den Fall aufmerksam und treffen auch wieder auf den Crew-Cut Man, der wohl nach Delta Glen geschickt wurde, um alle Spuren zu beseitigen. Am Ende wird der Mann aber selbst erschossen. Der Crew-Cut Man ist weder zu identifizieren, noch lassen sich ansonsten irgendwelche Informationen über ihn finden (Rotes Museum).
01. Februar 1995:
  Überall im Land werden Ärzte, die sich wie ein Ei dem anderen gleichen, getötet. Es stellt sich heraus, dass diese Männer Klone waren. Samantha Mulder taucht wieder auf. Sie trifft kurz auf ihre Eltern und natürlich Fox, der ihr helfen will. Sie wird nämlich von einem außerirdischen Gestaltwandler, dem Kopfjäger, verfolgt (Die Kolonie, Teil 1).
03. Februar 1995:
  Der Kopfjäger tötet Samantha und es stellt sich heraus, dass sie ein Klon war. Mulder trifft einige weitere Klone von Samantha, die aber allesamt ebenfalls  sterben. Von Mr. X erhält Mulder die Information, wo er nach dem Kopfjäger suchen muss. Natürlich kann ihm der Kopfjäger entkommen, aber Mulder hat neue Hoffnung bei der Suche nach der Wahrheit geschöpft.
  Sowohl Scully als auch Skinner treffen zu dieser Zeit auf Mr. X, der ihnen widerwillig bei der Suche nach Mulder hilft (Die Kolonie, Teil 2).
31. März 1995:
  Mulder und Scully untersuchen den Tod einiger Menschen, die ganz offensichtlich vollständig verbrannt sind. es stellt sich heraus, dass Dr. Chester Baton dafür verantwortlich ist.  Er wurde bei seiner Forschung bei Polarity Magnetics dunkler Materie ausgesetzt, die seinen Schatten zu einer Art schwarzen Loch gemacht hat. Natürlich ist die Verschwörung deswegen an Banton interessiert und so inszeniert man seinen Tod, um ungestört Versuche mit ihm anstellen zu können (Das Experiment).
09. April 1995:
  Einem Computerhacker, dem Denker, ein ominöser vierter Lone Gunman, ist es gelungen, an die MJ-Dokumente zu gelangen. Dies bleibt natürlich nicht unbemerkt und so ist der Denker nun seines Lebens nicht mehr sicher. das Dokument ist in der Sprache der Navajo abgefasst.
Mulder verhält sich immer aggressiver, was auf eine Droge, die in der Wasserversorgung seines Wohnhauses eingeschleust wurde, zurückzuführen ist. Scully ist schließlich gezwungen, Mulder anzuschießen, damit dieser nicht Krycek tötet  (Anasazi).
16. April 1995
 

Mulder wacht in New Mexico auf. Scully hat ihn hierher gebracht und stellt ihm Albert Hosteen, einen Navajo vor. Die bisherige Übersetzung des Dokuments zeigt, dass auch Scullys Name in Verbindung mit einem Experiment erwähnt wird. Außerdem geht daraus hervor, dass Wissenschaftler der Achsenmächte nach dem Zweiten Weltkrieg in den USA eine neue Heimat und ein neues Bestätigungsfeld gefunden haben. Die Opfer dieser Experimente werden in dem Dokument nur als Ware bezeichnet, was Mulder klar macht, dass auch sein Vater in diese Verschwörung verstrickt war. Die toten Wesen, die Eric Hosteen Mulder in einem vergrabenen Waggon zeigt, sehen zwar wie Außerirdische aus, haben aber alle Narben von Pockenimpfungen. Es stellt sich später auch heraus, dass sie mit Zyanid, dem Gift, das die Nazis benutzten, um ihre Massenvernichtung voranzutreiben, getötet wurden (Anasazi).

Nachdem der Waggon vom Raucher und seinen Leuten in die Luft gejagt wird, hält man Mulder für tot. Der Agent hat aber natürlich überlebt und wird von den Navajos gepflegt. Während eines Traums oder einer Vision begegnet er seinem Vater und Deep Throat. Scully entdeckt, dass sich in ihrem Nacken ein kleine Implantat befindet, das sie sich schließlich entfernen lässt. Ihre Schwester Melissa rät ihr zu einer Hypnose, um so herauszufinden, woher es stammt, aber Scully kann sich mit der Idee nicht anfreunden.
Mulder entdeckt bei den Sachen seines Vaters auch einige Photos, die ihn zusammen mit Deep Throat und einigen anderen Männern zeigen. Er stellt seine Mutter zur Rede, aber diese kann sich nicht mehr erinnern, wer die Männer sind. derweil wird Scully vom Well Manicured Man gewarnt, dass ihr Leben in Gefahr ist und das der Killer wahrscheinlich jemand sein wird, dem sie vertraut. Nach dieser Begegnung misstraut sie Skinner und es kommt so weit, dass beide ihre Waffen gegeneinander richten (Das Ritual).
Die Situation zwischen Scully und Skinner löst sich mit dem Eintreffen von Mulder auf, aber Scullys Schwester wird versehentlich getötet, da man sie für Dana hielt. Krycek, der Komplize des Killers von Melissa Scully, soll selbst aus dem Weg geräumt werden, überlebt aber und hat nun die Dokumente in Form eines digitalen Bandes in seinem Besitz. Mulder zeigt das Photo seines Vaters bei den Lone Gunmen herum. Diese erkennen den Nazi-Kriegsverbrecher Viktor Kerber wieder. Bei der Operation Büroklammer ging es darum, Wissenschaftler der Achsenmächte und deren Wissen in den USA zu nutzen. Offiziell hieß es, diese Operation wäre schon in den 50er Jahren eingestellt worden, aber das Photo ist aus den 70er Jahren und impliziert, dass die Operation sehr viel länger andauerte.
Mulder und Scully suchen Kerber auf und erfahren von ihm, wo dieses Photo aufgenommen wurde. Dort, in der Strughold Minengesellschaft, befinden sich Millionen von medizinischen Akten, darunter auch die von Mulders Schwester und von Scully. Es wird klar, das Samanthas Akte ursprünglich für Fox vorgesehen war.
Nachdem Männer der Verschwörung versuchen, die Agenten zu töten, suchen die ein weiteres Mal Kerber auf. Dort wartet der Well Manicured Man auf sie und berichtet, dass Kerber an einem Herzinfarkt verstorben ist. Von ihm erfährt Mulder, dass der Absturz eines UFOs bei Roswell und die Operation Büroklammer miteinander verbunden sind. Man versuchte, menschlich-außerirdische Hybriden zu schaffen. Ein Ziel hiervon war, Menschen zu schaffen, die einen atomaren Schlag überleben könnten. Auch Mulders Vater war Teil dieses Projektes. Er berichtet weiter, dass William Mulder aus dem Projekt aussteigen wollte und man deswegen seine Tochter entführte, um ihn so davon abzuhalten, die Verschwörung bloßzustellen.
Scully hält diese Geschichte für wenig überzeugend, aber Mulder schenkt ihr Glauben. Mulder stellt seine Mutter zur rede und erfährt, dass sein Vater sie nach ihrem Lieblingskind fragte, aber sie konnte keine Wahl treffen. Deswegen musste Bill Mulder das übernehmen und dafür hasste sie ihn noch in seinem Grab.
Skinner kann mit dem Raucher einen Handel ausarbeiten. Er wird nicht publik machen, was in den Dokumenten steht, wenn dafür für Mulders und Scullys Sicherheit garantiert wird. Der Raucher geht auf den Handel ein (Verschwörung des Schweigens).
1995:
 

Krycek verkauft Informationen aus den MJ-Dokumenten über ein im Pazifik abgestürztes UFO an die französische Regierung (Die Autopsie).

August 1995:
  Der Raucher lässt das im Pazifik abgestürzte UFO durch den Schoner Talapus bergen.
Ein japanisches Medizinerteam, das eine Autopsie an der Leiche eines Außerirdischen vornimmt, wird von einigen Soldaten getötet. Eine Videoaufnahme des ganzen Geschehens erreicht Steven Zinter, ein Mitglied des Mutual UFO Network (MUFON). Er beginnt mit dem Verkauf des Videobandes per Mail Order.
Oktober 1995:
 

Sieben Wochen nachdem Zinter mit dem Verkauf des Videos begonnen hat, wird er von einem japanischem Diplomaten ermordet. Mulder gelangt an den Koffer des Mannes und findet darin Satellitenaufnahmen von der Talapus. Mit Hilfe von Senator Matheson gelingt es ihm, das Lagerhaus zu finden, in dem das UFO aufbewahrt wird. Er wird Zeuge davon, wie ein Außerirdischer in einen Zugwaggon verfrachtet wird. Scully trifft derweil einige Frauen, die behaupten, von Außerirdischen entführt worden zu sein. Die Frauen kennen Scully, da sie eine von ihnen ist. Jede dieser Frauen hatte wie Scully ein Implantat in ihren Nacken (Die Autopsie).

In Perkey, West Virginia, tötet ein Trupp Soldaten Dutzende von missgestalteten Menschen aus Dr. Zamas geschlossener Forschungseinrichtung. Scully kann indes herausfinden, dass der implantierte Chip dazu gedacht ist, Gedanken aufzuzeichnen und später wieder abzuspielen. Der Hersteller ist aus Japan, was Scully nach Perkey in Dr. Zamas Forschungseinrichtung führt.
Dort trifft sie auf ein paar Überlebende, die sich vor der Todesschwadron verstecken konnten. Man berichtet ihr von diese Leprakolonie, bei der die Patienten zwar die Deformationen wie bei Leprakranken haben, aber nicht tatsächlich an dieser Krankheit leiden. Dr. Zama hat sie immer behandelt, aber nach jeder Behandlung sahen seine Patienten schlimmer aus als zuvor.
Ein Mitglied des Konsortiums, dem auch der Raucher angehört, trifft in Perkey auf Scully. Er erzählt ihr von den schrecklichen Dingen, die hier stattgefunden haben. Darunter waren auch Experimente an unschuldigen Menschen, die einfach entführt wurden. So wie Scully. Er zeigt ihr den Ort, an dem die Experimente durchgeführt wurden und sie kann sich düster daran erinnern. Die Entführung durch Außerirdische ist nur eine große Lüge, hinter der die Regierung ihre verwerflichen Experimente an Menschen verbirgt.
Scully teilt dies Mulder mit, aber dieser will nicht daran glauben. Er hat schließlich in dem Zug ein Wesen gefunden, das einem Außerirdischen sehr ähnlich sieht. Von einem Killer, der Zama getötet hat, erfährt Mulder schließlich, dass dieses Wesen ein Mensch ist, der immun auf radioaktive Strahlung ist. Zama hatte diese Immunität gefunden und wollte sie nun seiner Heimat Japan zugute kommen lassen. das ist natürlich nicht Sinn der Amerikaner, weswegen man hinter Zama und seinen Leuten herjagte.
Aufgrund dieser Geschichte kommt Mulder zu der Überzeugung, dass dieses Wesen ein außerirdisch-menschlicher Hybride sein muss (Der Zug).
1995:
 

Eine ölige schwarze Lebensform, wahrscheinlich dieselbe wie Black Cancer, nimmt vom Körper eines französischen Matrosen Besitz. Die restliche Besatzung des Schiffes erleidet starke Strahlenverbrennungen. Nun, da das Wesen wieder frei ist, wechselt es öfters den Wirt und gelangt später auch in Krycek.

Auf Skinner wird derweil ein Attentat verübt, das dieser aber überlebt. Der Killer ist derselbe Mann, der auch Melissa Scully auf dem gewissen hat. Mulder und Scully werden auf das Schiff aufmerksam. Dabei entdeckt Scully die Worte „Zeus Faber“, die ihr bekannt vorkommen. Sie sucht Commander Johansen, einen alten Bekannten ihrer Familie auf. Er berichtet ihr von der Zeus Faber, die los geschickt wurde, um nach einem Flugzeug zu suchen, das die dritte Atombombe, die während des Krieges in den asiatischen Raum unterwegs war, beförderte. Die Verstrahlung könnte also von dieser Bombe herrühren. Mulder findet Krycek, aber dieser wird schließlich von dem Alien übernommen (Der Feind, Teil 1).
November 1995:
  Krycek kann Mulder entkommen. Er, oder vielmehr der Alien, hat vor, die MJ-Dokumente für die Rückkehr in sein UFO einzutauschen. das Konsortium wird dadurch etwas beruhigt, da man es nicht gerne sah, dass die Franzosen in den Besitz der Koordinaten der UFO-Absturzstelle gekommen sind. Auch das stümperhafte Attentat auf Skinner ist nicht gerade dafür geeignet, die Stimmung zu heben.
Scully gelingt es, Luis Cardinal, den Mörder ihrer Schwester, zu verhaften. Natürlich bleibt Cardinal im Gefängnis aber nicht lange am leben, obwohl alles auf Selbstmord hindeutet. Zuvor jedoch erfährt Scully, dass Krycek auf den Weg zu einem verlassenen Raketensilo in North Dakota ist.
Dort sind tatsächlich Krycek und der Raucher, der auf den Handel des Aliens eingegangen ist. Nachdem Mulder und Scully wieder mal das Nachsehen haben, zeigt sich, dass der Außerirdische Kryceks Körper verlässt. Krycek selbst ist aber in dem abgeschlossenen Raketensilo gefangen.
Dezember 1995:
 

Krycek gelingt es, aus dem Raketensilo zu entkommen. Es ist nicht völlig klar, ob er auf eigene Faust entkommen konnte oder ob die Militaristengruppe unter Timothy Edward Mayhew ihm geholfen hat. Auf jeden Fall trifft Krycek kurz darauf auf diese Gruppe und arbeitet kurzzeitig mit ihnen zusammen. Gemeinsam sind sie für zwei Bomben verantwortlich, von denen eine nur dazu gedacht ist, Mulder auf den Plan zu rufen (Tunguska, Teil 1).

07. März 1996:
  Die Verschwörung versucht, den Assistant Director Walter Skinner aus dem Weg zu räumen. Da ein zweiter Mordanschlag zu viel Staub aufwirbeln wurde, versucht man, Skinner dadurch zu diskreditieren, indem man ihn zum Hauptverdächtigen bei einem Mord macht. Mulder und Scully können jedoch den Plan aufdecken und Skinners Unschuld beweisen (Heimsuchung).
27. April 1996:
  Mit Hilfe von unterbewussten Signalen werden normale Fernsehzuschauer beeinflusst und zu Morden getrieben. Auch Scully gerat in den Einfluss dieses Experiments. Mulder versucht nun, seine Partnerin vor sich selbst zu schützen und gleichzeitig die Hintermänner dieses Experiments bloßzustellen. Mr. X und der Smoking Man treffen sich. Mr. X treibt ein doppeltes Spiel (Ferngesteuert).
Juni 1996:
  Transgen Pharmaceuticals beginnt mit seinen Zahlungen an Roberta Sim, die diese für die Experimente, die an ihrer Tochter Emily vorgenommen werden und eine schwere Krankheit heilen sollen, erhält (Emily, Teil 1).
1996:
  Der Raucher trifft sich mit Rebecca Mulder, Fox´s Mutter, in dem Sommerhaus der Mulders in Quonochontaug. Die beiden kennen sich offensichtlich schon seit langer Zeit und es stellt sich die Frage, wie intim ihre Bekanntschaft tatsächlich ausgefallen ist. nachdem der Raucher wieder gegangen ist, erleidet Mrs. Mulder einen Schlaganfall. Mr. X, der das Treffen aus sicherer Entfernung beobachtet hat, ruft Hilfe.
Jeremiah Smith einer jener gestaltverändernden Außerirdischen wie der Kopfjäger, benutzt seine Gabe des Heilens, um den Menschen zu helfen. Dies wird von der Verschwörung ebenso wie von dem Kopfjäger nicht gern gesehen und so wird er zum Abschuss freigegeben. X informiert Mulder, dass der Raucher irgend etwas von seiner Mutter will und dass sich das wahrscheinlich in dem Sommerhaus befindet. Mulder sieht sich in dem haus um und findet eine Waffe wie der Kopfjäger sie benutzt.
Da Mulder auch der Annahme ist, dass Jeremiah Smith seiner Mutter helfen kann, interessieren die beiden Agenten sich für den Mann, der einen Amoklauf so glimpflich hat ausgehen lassen. derweil wird Smith von Männern des Rauchers festgenommen. der Raucher beschuldigt sein Gegenüber, das Große Ziel mit seinem Handeln in Gefahr zu bringen. Smith bietet ihm aber nur einen Handel an. Er befreit den Raucher von seinem Lungenkrebs und erhält dafür seine Freiheit. der Kopfjäger kommt zu spät, um Smith zu töten.
Scully findet inzwischen heraus, dass es jede Menge Jeremiah Smiths gibt, deren Aussehen völlig identisch ist und die alle für die Sozialversicherung arbeiten. Am Abend sucht sie der echte Jeremiah Smith auf und zusammen trifft man nun Mulder (Der Tag steht schon fest).

Als der Kopfjäger auftaucht, gelingt es Mulder, mit Smith zu fliehen. Dieser bricht mit ihm nach Kanada auf, da er dort seine Schwester wird wiedersehen können. Das Konsortium hat erkannt, dass sich in ihrer Mitte ein Leck befindet. Um dieses zu entdecken, wird eine Fehlinformation verbreitet, um so die undichte Stelle lokalisieren zu können. Mr. X schluckt den Köder.

Skinner findet heraus, dass kein Jeremiah Smith mehr an seinen Arbeitsplatz zuruckgekehrt ist. Es wird aber klar, dass sich in den Computern dieser Männer enorme Datenmengen befinden. Bei den verschlüsselten Daten handelt es sich um personenbezogene Informationen, die wie sich später herausstellt, alle mit dem Akronym SEP (,,Smallpox Eradication Program", also Pockenvernichtung) gekennzeichnet sind.
In Kanada zeigt Smith Mulder eine Plantage, auf der ein Madchen arbeitet, das wie die junge Samantha aussieht. Smith erläutert, dass sie nur eine Drohne, ein Klon ist, der hier arbeitet. In den nahegelegenen Baracken befinden sich jede Menge Klone, die Samantha gleichen. Mehr kann Smith allerdings nicht mehr preisgeben, da der Kopfjäger aufgeholt hat und den Verräter nun ausschaltet.
Scully und Agent Pendrell erkennen, dass es sich bei den Daten um ein Verzeichnis von Menschen handelt. Sie erläutern ihre Theorie Skinner und einigen anderen hochrangigen Vorgesetzten. Offenkundig wurde jedem Menschen durch eine Pockenimpfung eine Art Etikett verpasst und eine Katalogisierung vorgenommen. Das Konsortium hat die undichte Stelle entdeckt und lasst Mr. X erschießen als dieser auf dem Weg zu Mulder ist. Mit seinem eigenen Blut gibt er ihm einen Hinweis, die Buchstaben SRSG, die für den Sonderbeauftragten der Vereinten Nationen stehen (Herrenvolk).
1996:
 

Einen Monat später sucht Mulder den Sonderbeauftragten der Vereinten Nationen auf, dringt aber gar nicht bis zu ihm vor. Seine Assistentin Marita Covarrubias erzählt ihm, dass die Plantage verlassen vorgefunden wurde und dort nichts mehr entdeckt werden konnte. Covarrubias, die ebenfalls für die Verschwörung arbeitet, wird zu Mulders neuer Informantin, auch wenn nicht klar ist, was sie damit bezweckt. Sie konnte Mulder helfen oder ihn auch nur auf Geheiß des Smoking Man mit Fehlinformationen und Belanglosigkeiten futtern. Der Smoking Man bringt den Kopfjäger dazu, Mrs. Mulder von den Folgen ihres Schlaganfalls zu heilen (Herrenvolk).

12. November 1996:
 

Der Smoking Man verfasst ein Rucktrittsgesuch, da er als Autor endlich eine seiner Geschichten verkaufen konnte. Als er aber sieht, dass die Geschichte völlig verändert wurde, zerreißt er den Brief und nimmt sein dusteres Handwerk wieder auf (Gedanken des geheimnisvollen Rauchers).

Dieses Ereignis wird hier mit aufgenommen, ist aber beinahe 100-prozentig falsch. Der Autor Glen Morgan nahm sich bei dieser Episode satirisch nicht zurück, weswegen vieles in der dargebrachten Form so nicht ganz passend scheint. Die Hauptmotivation für diese Szene scheint jener Moment zu sein, da der Smoking Man wie weiland Forrest Gump über den Sinn des Lebens und dessen Ähnlichkeit mit einer Pralinenschachtel sinnieren darf. Dieses Ereignis ist letztendlich nur die Meinung von Frohike, der glaubt, die wahre Lebensgeschichte des Smoking Man aufgedeckt zu haben. Gerade dieses ,,Abenteuer" zeigt aber auch, dass vieles an Frohikes Version nicht ganz stimmen kann. Immerhin ist es total unglaubwürdig, dass der Smoking Man sich aufs Altersteil zurückzieht, wenn man bedenkt, was die Verschwörung eigentlich vorantreibt und was durch die Kolonisation mit der gewöhnlichen Bevölkerung passieren konnte.
23. November 1996:
  Am Flughafen von Honolulu wird ein Diplomat vom Zoll untersucht. Dabei entdeckt man auch einen Behälter mit Black Cancer, der sofort nach dem Offnen Besitz von einem Zollbeamten ergreift (Tunguska, Teil 1).
24. November 1996
 

Mulder erfahrt, dass es weitere Opfer des Serienkillers John Lee Roche gibt. Durch einige Traume, die er hat, wird er verunsichert, ob Samanthas Verschwinden sich wirklich so zugetragen hat, wie er es glaubt. Nach einem Gespräch mit Roche wird klar, dass dieser tatsachlich Samantha entführt und getötet haben könnte.

Um den Verdacht zu erhärten oder zu entkräften, bringt Mulder Roche in ein Haus in Martha's Vineyard, dass Roche als das Haus von Mulders Eltern identifiziert. Dies ist aber in Wirklichkeit ein anderes Haus, was natürlich auch nur bedeuten konnte, dass Roche sich in dieser Beziehung nicht mehr so gut daran erinnern konnte (Die Sammlung). Diese Episode gibt ein paar Probleme auf. Die Handlung lauft offensichtlich über zwei Nachte, da Mulder Roche am Morgen des 26. Novembers erschießt. Zu dem Zeitpunkt befindet sich Mulder aber schon nicht mehr im Land, sondern ist in Russland dem Black Cancer auf der Spur.
Mulder erhalt per e-Mail eine anonyme Nachricht, die vom Einkauf verschiedener Dinge zum Bau einer Bombe zeugt (Tunguska, Teil 1).
25. November 1996
 

Das FBI, darunter Mulder und Scully, stoppt die Militaristen dabei, wie sie eine Bombe zum Einsatz vorbereiten. Dabei nehmen sie auch Krycek fest, der ihnen anbietet, ihnen im Kampf gegen die Verschwörung zu helfen. Zu diesem Zweck berichtet er ihnen von einem Diplomaten, der ein Stück Gestein vom Mars in die USA bringt. Tatsächlich können sie dieses Gestein auch in ihren Besitz bringen und Mulder bringt Krycek erst mal bei Skinner unter.

Beim Goddard Space Flight Center bohrt Dr. Sacks ein Loch in den Stein, woraufhin der Black Cancer in ihn eindringt und der Doktor ins Koma fällt.
Von Marita Covarrubias erfährt Mulder, woher der Stein ursprünglich kommt. Aus Russland. Von ihr erhält er auch alle nötigen Papiere, um in Russland einreisen zu können. Nachdem Krycek ihm sagt, dass seine Eltern russische Immigranten waren und er fließend russisch spricht, nimmt Mulder ihn mit nach Russland.
Scully, Mulder und Skinner werden von Senator Sorenson dazu verpflichtet, vor einem Subkomitee des Senats wegen der Ereignisse um einen Mord in Skinners Wohnhaus, den freilich Krycek in Notwehr begangen hat und einigen anderen Dingen auszusagen.
In einem Sanatorium in Florida werden an den Patienten Tests mit Black Cancer und dem entsprechendem Impfstoff vorgenommen (Tunguska, Teil 1).
26. November 1996
 

Mulder und Krycek erreichen Tunguska und finden auch einen Gulag, in dem die Gefangenen zur Schwerstarbeit gezwungen werden. Beide werden gefangengenommen, aber es zeigt sich, dass Krycek den Lagerkommandanten sehr gut kennt. Mulder wurde ein weiteres Mal von seinem ,,Partner" verraten. Wenig später wird Mulder einem Experiment unterzogen, bei dem er mit Black Cancer infiziert wird. Gleichzeitig injiziert man ihm einen Impfstoff gegen den Black Cancer in den linken Arm (Tunguska, Teil 1).

27. November 1996:
  In St. Petersburg wird der ehemalige KGB-Agent Peskow von Genosse Arntzen rekrutiert, da der Kalte Krieg zwischen den Supermächten niemals geendet hat. Wie sich herausstellt ist Arntzen niemand anders als Krycek (Tunguska, Teil 2).
28. November1996:
  Scully entdeckt bei dem im Koma liegenden Dr. Sacks, dass eine Art Wurm in seinem Blutkreislauf aktiv ist (Tunguska, Teil 2).
29. 11.1996:
  Von einem anderen Gefangenen erfährt Mulder, dass bereits Hunderte von Gefangenen durch die Experimente umgekommen sind. Kurz darauf gelingt Mulder die Flucht, wobei er auch Krycek gefangen nehmen kann, diesen aber bald wieder verliert. Mit Hilfe einiger Einheimischer kann der Agent schließlich nach Hause zurückkehren (Tunguska, Teil 2).
30. 11.1996:
  Krycek ergeht es da bedeutend schlechter. Er stößt auf einige Zivilisten, denen allen der linke Unterarm fehlt. Ihnen gegenüber gibt er sich als Flüchtling des Gulags aus. Da die Leute glauben, dem Tod durch die Experimente kann man nur durch die Entfernung des linken Unterarms entgehen, sorgen sie bei Krycek gewaltsam für eine Amputation (Tunguska, Teil 2).
01. Dezember 1996:
 

Peskow ist inzwischen in Amerika. Dort tötet er Dr. Chung-Sayre. Der Raucher bringt die Senatoren dazu, Scully nach Mulders Aufenthaltsort zu befragen (Tunguska, Teil 2).

02. Dezember 1996:
  Bei ihren Untersuchungen an Dr. Sacks erkennt Scully, dass diese wurmartigen Organismen in Sacks' Blutkreislauf heranwachsen (Tunguska, Teil 2).
03. Dezember 1996:
  Scully sagt vor dem Komitee aus. Da sie sich weigert, Mulders Aufenthaltsort bekannt zu geben, wird sie in Beugehaft genommen. Peskow dringt in das Goddard Space Flight Center ein und eliminiert Dr. Sacks. Daraufhin entwendet er das Marsgestein. Der Raucher berichtet dem Well Manicured Man, wer der Killer seiner Geliebten ist (Tunguska, Teil 2).
04. Dezember 1996:
  Scully soll nun endlich vor dem Komitee Mulders Aufenthaltsort bekannt geben, aber das ist nicht mehr nötig, da Mulder vor Ort erscheint. Nach der Beantwortung wenig sinnvoller Fragen, brechen die beiden Agenten in Richtung Florida auf. Sie kommen aber zu spät im Sanatorium an, da Peskow bereits alle Patienten getötet hat. Die beiden Agenten sprechen mit dem Militaristenanführer Timothy Edward Mayhew und erfahren, dass Krycek die zweite Bombe in North Dakota zünden will. Der von Krycek gemietete Lastwagen wird jedoch in Kanada gefunden (Tunguska, Teil 2).
05. Dezember 1996:
  Bei einer Ölraffinerie in Alberta gelingt es Peskow, das Marsgestein zu vernichten (Tunguska, Teil 2).
06. Dezember 1996:
  Scully und Mulder sagen erneut vor dem Komitee aus. Es gibt aber keinerlei Beweise mehr für ihre Geschichte, genauso wenig wie es irgendwelches belastendes Material wegen des Toten vor Skinners Haus gibt. Krycek besucht Peskow in St. Petersburg und gratuliert ihm zu dem gelungenen Mission (Tunguska, Teil 2).
Januar 1997:
  Während der Untersuchung des Falles Leonard Betts, der seine Opfer danach aussuchte, ob sie Krebs haben, den dieser genetische Mutant zum Überleben dringend benötigt hat, impliziert dieser bei einer Begegnung mit Scully, dass sie selbst an Krebs erkrankt ist (Leonard Betts).
Februar 1997:
 

Nach einigen Tests bestätigt sich Scullys schreckliche Vorahnung. Sie hat ei n Tumor im Kopf, der äußerst schwer zu behandeln und bei einer möglichen Ausbreitung absolut tödlich ist. Scully will sich aber nicht davon unterkriegen lassen und arbeitet weiter. Sie und Mulder suchen Betsy Hagopian auf, die so wie Scully und einige andere Frauen auch entführt wurde. Sie müssen allerdings erfahren, dass Betsy vor wenige n Wochen an Krebs verstorben ist. Einem Anhaltspunkt folgend, stoßen di e beiden auf Kurt Crawford, der sich als MUFON-Mitglied zu erkennen gibt. Scully besucht Penny Northern, eine Entführte und an Krebs leidend wie sie selbst, im Krankenhaus. Dort entscheidet sie sich, den Kampf mit einer Chemotherapie aufzunehmen.

Mulder entdeckt bei seinen Nachforschungen, dass Crawford ein Klon ist und es noch viele weitere von ihm gibt. Von ihnen erfährt er, dass sie versuchen, das Projekt zu unterwandern und die Frauen, die sie für ihre Mütter halten, zu retten.

Nachdem Penny stirbt, bricht Scully die Chemotherapie ab und kehrt an die Arbeit zurück. Sie will die Wahrheit, die nun in ihr ist, finden. Skinner sucht ein Treffen mit dem Raucher. Er verhandelt mit dem Raucher über ei ne Möglichkeit, Scully zu heilen. Und dieser wäre nur zu gerne dazu bereit, wenn Skinner gewillt ist, den Preis da für zu bezahlen (Memento Mori).

23. Februar 1997:
 

Der Flug 549, bei dem Max Fenig als Passagier dabei ist, stürzt infolge eines Zusammentreffens mit einem UFO und einem Abfangjäger ab. Mulder und Scully beginnen mit der Untersuchung dieses Falles, bei dem Mulder einen persönlichen Verlust erleidet, da er Max als Freund und verwandte Seele ansah. Während sie daran arbeiten, die Verschwörung hinter diesem Ereignis aufzudecken, wird Agent Pendrell, der Mulder und Scully in der Vergangenheit wiederholt geholfen hat, erschossen (Tempus Fugit, Teil 1).

26. Februar 1997:
 

Es stellt sich heraus, dass Max ein Stück Alientechnologie bei sich hatte und deswegen von allen verfolgt wurde. Der Absturz von Flug 549 war ein Unfall, der durch die Intervention des Abfangjägers zustande kam. Mulder selbst gelangt kurzzeitig in den Besitz dieses Stückes, verliert es aber zusammen mit einem Teil seiner Erinnerung als ein weiteres UFO sein Flugzeug aufhält. Am Ende hält er nicht den geringsten Beweis für eine Verschwörung oder dem Auftauchen eines UFOs in Händen (Tempus Fugit, Teil 2).

12. April 1997:
 

Mulder lässt sich mit psychoaktiven Drogen behandeln, um so ein klareres Bild von der Entführung seiner Schwester zu erhalten. Dadurch hat er tatsächlich ein paar Flashbacks, die ihm Ereignisse im Sommerhaus der Mulders näher bringen. Dabei sieht er wie seine Eltern streiten, wobei es scheinbar darum geht, welches der beiden Kinder sie weggeben müssen. Wie Bill Mulder erwähnt, ist die Wahl auf Samantha gefallen, was wiederum ein Befehl von ganz oben war. Des weiteren sieht Fox, wie sein Vater und der Raucher miteinander streiten. Was letztlich hiervon wirklich wahr ist, ist zum jetzigen Zeitpunkt noch nicht abzusehen.

Diese Flashbacks bringen Mulder dazu, seine Mutter erneut zur Rede zu stellen. Er will von ihr wissen, was hiervon wirklich geschehen ist. Fox beschuldigt sie, eine Affäre mit dem Raucher gehabt zu haben, was die Frage aufwirft, wer den nun sein wahrer Vater ist. Mrs. Mulder weigert sich, den Anschuldigungen ihres Sohnes Rede und Antwort zu stehen (Dämonen).
27. April 1997:
 

Die Verschwörung beginnt einen Testlauf mit den pockenverbreitenden Bienen. Nach einem ersten Zwischenfall schickt der Raucher Skinner, um alles wieder zu bereinigen. Nach dem Handel, den beide miteinander geschlossen haben, hat Skinner keine andere Wahl, als dem Befehl des Rauchers zu folgen.

Dabei ist er gezwungen sich als Mulder auszugeben, was den echten Mulder nicht sonderlich erfreut und ihn die Sache noch verbissener untersuchen lässt. Skinner erfährt von Mulders Informantin Covarrubias und lässt sie wissen, dass er weitere Päckchen mit den tödlichen Bienen entdeckt hat. Sie ermutigt ihn, dies den Behörden zu melden, aber das kann Skinner nicht, ohne sich dabei selbst ans Messer zu liefern. Mulder findet anhand eines Photos heraus, dass Skinner der Mann ist, der sich für ihn ausgegeben hat. Als er sich mit ihm unterhält, erfährt er von dem Pakt, den der Assistant Director mit dem Raucher geschlossen hat. Es stellt sich heraus, dass Marita Covarrubias für den Raucher arbeitet, obgleich nicht klar wird, warum sie Mulder mit Informationen versorgt (Der Pakt mit dem Teufel).
April 1997:
 

Scully berichtet einem Komitee, dem auch Section Chief Blevins angehört, der sie den X-Akten ursprünglich zugeteilt hatte, dass Agent Fox Mulder tot in seiner Wohnung aufgefunden wurde. Die Schusswunde am Kopf ist offensichtlich selbst zugefügt worden.

Weiter erzählt sie, dass Mulder vor kurzem den gefrorenen Körper eines Außerirdischen entdeckt hatte. Daraufhin unternahm der Anthropologe Dr. Arlinsky eine Autopsie, um die Echtheit zu verifizieren. Kurz darauf wurde der Leichnam jedoch gestohlen und Arlinsky und ein weiterer Wissenschaftler ermordet.
Weiterhin berichtete man ihr selbst, dass einige andere Wissenschaftler am Fundort des Leichnams im Gebiet des Yukons ebenfalls ermordet wurden. Sie erzählt dem Komitee, dass sie von einem ausgeklügelten Plan erfahren hat, der nur dazu geschaffen wurde, Mulder auf eine falsche Fährte zu führen und seine Arbeit in Misskredit zu bringen. Dabei glaubt sie auch, dass Arlinsky wissentlich an der Täuschung Mulders beteiligt war.
Sie beschreibt, wie der Pentagon-Mitarbeiter Michael Kritschgau eine Probe des Eises, in dem der Leichnam eingeschlossen war, gestohlen hat, später aber von ihr gestellt werden konnte. Kritschgau beschrieb die komplizierte Verschwörung, deren Zweck es war, Mulder von seinen Untersuchungen der Missetaten des militärisch-industriellen Komplexes abzulenken und ihn durch einen Gang an die Öffentlichkeit mit den falschen Beweisen außerirdischer Existenz lächerlich zu machen. Dieselben Leute, die Mulder dies antun wollten, sind auch jene, die für ihre Krebserkrankung verantwortlich sind. Auch dies ist ein geschicktes Teilchen des Plans, der dafür sorgen soll, dass Mulder seinen Glauben an die außerirdische Verschwörung nicht verlieren soll. Als Scully ihn mit dieser Information überrascht, scheint eine Welt für den Agenten zusammenzubrechen. Wie es aussieht, konnte Mulder mit der Schuld, dass Scully nur seinetwegen mit dieser tödlichen Krankheit infiziert wurde, nicht leben und hat seinem Leben ein Ende gesetzt. Scullys Krebs wurde in letzter Zeit schlimmer. Er hat sich nun auch in den Blutkreislauf eingeschlichen, was beinahe sicherlich tödlich für sie enden wird (Gethsemane).
Mulder ist jedoch nicht tot, sondern hat diesen nur vorgetäuscht. Es gelingt ihm, in das Pentagon einzudringen. Dort stößt er auch auf den großen Lagerraum, in dem Material der Verschwörung gesammelt wird. Er findet dabei auch eine Phiole, die eine Flüssigkeit enthält. Da diese in Zusammenhang mit Scully steht, hofft er, ein Heilmittel für seine Freundin gefunden zu haben.
Scully findet derweil weitere Hinweise auf die große Lüge mit den Außerirdischen, die nur geschaffen wurde, um weit Schrecklicheres zu verbergen. Vor dem Komitee enthüllt sie diese Beweise und gibt auch bekannt, dass einer der Anwesenden sowohl für die Verschwörung arbeitet als auch für ihren Krebs verantwortlich ist. Bevor sie diesen jedoch entlarven kann, bricht sie zusammen (Redux, Teil 1).

Mulder erfährt vom Raucher, dass nicht die Flüssigkeit in der Phiole, ionisiertes Wasser, das Heilmittel ist, sondern ein kleiner Mikrochip, der den Krebs besiegt. Scully geht auf Mulders Vorschlag ein und lässt sich diesen Chip einsetzen, woraufhin ihre Genesung beginnt.

Derweil trifft sich Mulder ein weiteres Mal mit dem Raucher. Dieser bringt ihn mit Samantha zusammen, die sich nur noch an wenig von ihrer Entführung erinnern kann. Sie glaubte aber, dass ihre ganze Familie inklusive der noch lebenden Mutter tot waren und der Raucher ihr wahrer Vater ist. Offensichtlich hatten ihre Mutter und der geheimnisvolle Mann eine Affäre. Samantha ist von diesem Treffen und den neuen Informationen verwirrt, weswegen sie schnell wieder geht, aber verspricht, Mulder später wieder aufzusuchen.

Der Raucher bietet Mulder an, die ganze Wahrheit zu erfahren. Dafür muss er nur das FBI verlassen und für die Verschwörung arbeiten. Mulder ist wirklich versucht, das Angebot anzunehmen, entscheidet sich dann aber doch dagegen. Wenig später wird der Raucher erschossen, aber seine Leiche bleibt unauffindbar. Die Quelle innerhalb des FBIs wird aufgedeckt. Es ist Sektionschef Blevins (Redux, Teil 2).
21. Dezember 1997:
 

Dana und ihre Mutter besuchen ihren Bruder und seine Frau in San Diego. Dort erhält Scully einen Anruf, der von ihrer toten Schwester zu stammen scheint. Sie folgt den Hinweisen und stößt auf die tote Roberta Sims, die scheinbar Selbstmord begangen hat.

Wie sich herausstellt, wurde sie jedoch von ihrem Mann ermordet. Als dieser verhaftet wird und man ihm wenig später im Gefängnis bei seinem Selbstmord nachhilft, erwacht Danas Mutterinstinkt für die kleine Emily immer mehr. Das Kind sieht Melissa sehr ähnlich, weswegen Dana einige Tests anstellen lässt. Wie sich herausstellt, ist Emily aber nicht Melissas, sondern Danas Tochter (Emily, Teil 1 ).
31. Dezember 1997
 

Emily geht es gesundheitlich immer schlechter. In ihrem Nacken zeigt sich auch eine kleine Wunde, aus der grüner Schleim und ein giftiges Gas entweicht. Ihr früherer Doktor weigert sich, Mulder Emilys medizinische Akten zu übergeben. Als dieser dann das Haus verlässt, verfolgt Mulder ihn. An seinem Zielpunkt wird Doktor Calderon ermordet und Gestaltwandler nehmen sein Aussehen an. Einer fährt zum Krankenhaus und injiziert Emily eine unbekannte Substanz. Nachdem Mulder mit dem anderen Calderon einige Schwierigkeiten hatte, kann er mit einer Phiole grüner Flüssigkeit entkommen. Für Emily sind aber alle Mühen zu spät. Sie stirbt. Bei der Beerdigung zeigt sich, dass ihr Körper verschwunden ist. Der Sarg ist nur mit Sand aufgefüllt (Emily, Teil 2).

Ca. Februar 1998:
 

In Kasachstan töten einige Außerirdische, die menschliche Gestalt, jedoch keine Gesichter haben, mehrere Menschen, indem sie sie verbrennen. Marita Covarrubias trifft mit einem UN-Team auf ein russisches Pendant unter dem Kommando von Krycek.

Mulder hat derweil seinen Glauben an außerirdisches Leben verloren und ist sich nun einer Verschwörung wie sie in ,,Gethsemane" angedeutet wurde, sicher. Dr. Heitz Werber macht ihn auf Cassandra Spender aufmerksam. Diese behauptet, mehrmals entführt worden zu sein und erzählt auch von verschiedenen außerirdischen Fraktionen, die miteinander im Krieg liegen. Beim FBI wendet sich Jeffrey Spender, Cassandras Sohn an Scully. Er erzählt ihr vom Wahnsinn seiner Mutter und hätte gerne, dass man sie in Ruhe lässt. Bei Skyline Mountain, dem Ort, an dem sowohl Cassandra als auch Scully entführt wurden, tauchen die außerirdischen Killer auf und setzen mehrere Menschen, allesamt Entführte, in Brand.
Marita Covarrubias spricht mit dem Konsortium. Man ist über den Zwischenfall besorgt, da das große Ereignis noch 15 Jahre entfernt ist. Da man eine Intervention der Kolonisten verhindern muss, ist es lebensnotwendig, diese Zwischenfälle zu stoppen. Derweil nimmt Krycek mit dem Konsortium Kontakt auf. Er hat etwas, das zur Entwicklung eines wirksamen Impfstoffes beitragen könnte. Marita trifft sich mit ihm und es wird klar, dass beide eine weit persönlichere und tiefere Beziehung verbindet als man gedacht hätte.
Cassandra erklärt inzwischen, dass viele der Skyline-Opfer Bekannte von ihr waren, mit denen sie gemeinsam in einem UFO-Kult war. Wenig später werden Cassandra und Scully vermisst. Sie sind am Ruskin Damm in Pennsylvania bei einer großen Gruppe Menschen. Auch diese werden Opfer der außerirdischen Killer, aber Scully kann dem Grauen entkommen (Cassandra, Teil 1).
Ca. Ende Februar 1998:
 

Der Raucher hat den Anschlag auf sein Leben überlebt. Er hält sich in einer Blockhütte in der Wildnis von Kanada auf. Von dort aus schickt er einen Brief an seinen Sohn, Jeffrey Spender.

Mulder überzeugt Scully, die sich an nichts erinnern kann, sich einer Hypnose zu unterziehen. Sie erinnert sich dabei an ein UFO, aus dem die gesichtslosen Aliens kamen und begannen, die Menschen zu töten. Kurz darauf erschien ein zweites UFO und attackierte das erste. Daraufhin wurde Cassandra in das zweite UFO geholt und alles endete.
Die Männer des Well Manicured Man finden Marita, die vom Black Cancer infiziert ist. Von Krycek, der inzwischen ein Gefangener des Well Manicured Man ist, erhält er den Impfstoff, der Marita verabreicht wird. Derweil stürzt ein UFO ab. Einer der gesichtslosen Außerirdischen kann lebend geborgen werden. Er wird zur Weikamp Air Force Basis gebracht.

Der Well Manicured Man versucht seine Kollegen im Konsortium zu überzeugen, dass durch den Impfstoff nun die Möglichkeit zum Widerstand gegen die Kolonisten gegeben ist, aber seine Kollegen sind anderer Überzeugung. Nun hätte man aber die Möglichkeit einer Allianz mit den rebellischen Aliens im Kampf gegen die Kolonisten. Das Konsortium beschließt aber, dem ursprünglichen Plan zu folgen und den gesichtslosen Außerirdischen an die Kolonisten zu übergeben. Derweil dringt der Kopfjäger in die Air Force Basis ein.

Mulder trifft auf Krycek, der ihm davon erzählt, dass die ganze Menschheit bei der Kolonisation durch eine außerirdische Spezies sterben könnte, nun aber der Widerstand in greifbarer Nähe ist. Mulder glaubt dem verräterischen Krycek nicht recht, folgt aber dessen Hinweis zur Weikamp Air Force Basis. In einem Lastwagen, der das Gelände verlässt, stößt Mulder auf den Kopfjäger. Dazu kommt ein weiteres UFO, das einen gesichtslosen Alien entlässt. Als Mulder wieder aufwacht, kann er sich an die letzten Minuten nicht mehr erinnern. Marita scheint inzwischen geheilt zu sein. An ihr sieht man keine Spur mehr vom Black Cancer (Cassandra,  Teil 1 und 2).
Ca. April 1998:
 

Mulder arbeitet Undercover. Es gelingt ihm, eine terroristische Gruppe zu infiltrieren, nachdem diese mit ihm Kontakt aufgenommen hat. Dazu kam es, nachdem Mulder bei einer UFO-Konvention über Regierungsverschwörungen gesprochen hatte. Wie sich herausstellt, verfügt die Gruppe über einen biologischen Kampfstoff, den sie bereits mehrmals getestet haben. Als die Gruppe plant, den Kampfstoff in großer Menge zu verbreiten, versucht Mulder, dies zu verhindern. Bei einem vorgetäuschten Banküberfall werden Geldscheine mit dem Toxin, das bei Hautkontakt aktiv wird, versehen.

Mulder wird zwar enttarnt und soll getötet werden, aber wie sich heraus stellt, ist einer der Terroristen aus nicht näher bezeichneten Gründen auf seiner Seite. Wenig später stellt sich heraus, dass diese Bio-Waffe den Terroristen überlassen wurde, um sie zu testen. Offensichtlich steckt eine verschwörerische Partei innerhalb der Regierung dahinter, aber im Moment lässt sich nicht sagen, ob diese Verschwörung mit der bekannten um die außerirdische Wahrheit identisch ist oder nicht (Die Pine-Bluff-Variante).
Mai 1998:
 

Der junge Gibson soll während eines Schachspieles erschossen werden, entkommt dem Anschlag aber knapp. Währenddessen wird der Raucher in seiner Hütte in Kanada von Krycek aufgespürt und in die Staaten zurückgebracht. Das Konsortium hat eine neue Aufgabe für ihn.

Agent Spender wird mit dem Fall betraut, aber auch Mulder mischt sich ein. Er erklärt anhand von Videoaufnahmen, dass Gibson und nicht sein Gegenüber, das Opfer, das Ziel des Anschlags war. Unterstützung erhält er dabei von Diana Fowley, die die letzten Jahre in der Botschaft in Berlin verbracht hat und früher eine sehr enge Freundin von ihm war. Mulder glaubt, dass Gibson Gedanken lesen kann und darum umgebracht werden sollte. Tests ergeben später, dass Mulder mit seiner Vermutung recht hatte.
Wenig später spricht er mit dem inhaftierten Schützen. Dieser erklärt ihm, dass der Junge das fehlende Bindeglied ist und weckt damit Mulders Interesse. Er glaubt nun, dass Gibson auch außerirdische Gene besitzt und darum für die Verschwörung gefährlich wurde.
In Skinners Büro trifft man sich und Scully stellt fest, dass Gibson tatsächlich der Schlüssel zur Erklärung paranormaler Phänomene sein könnte und die leichte Veränderung im Gehirn ein unumstößlicher Beweis dafür ist.
Während Gibson bei Diana bleibt, wird der Schütze selbst zum Opfer. Mulder kann darüber hinaus noch beobachten, wie sich Spender mit dem Raucher trifft, was ihn zu der Vermutung bringt, dass Spender ein Verräter ist. Wenig später wird Gibson entführt. Dabei wird Diana angeschossen und bleibt schwer verletzt zurück. Der Raucher übergibt Gibson dem Well Manicured Man. Mulder konfrontiert Spender mit der Beschuldigung, an der Verschwörung beteiligt zu sein. Kurz darauf unterrichtet Skinner Mulder und Scully, dass die X-Akten wohl geschlossen und sie beide anderen Abteilungen zugestellt werden.
Der Raucher trifft Spender im FBI-Gebäude und unterrichtet ihn davon, dass er sein Vater ist. Das Gespräch endet als der Feueralarm losgeht. Mulders Büro mit sämtlichen Akten ist abgebrannt. Die X-Akten werden geschlossen. Mulder und Scully neuen Abteilungen zugeteilt (Das Ende).
August 1998:
 

In Blackwood, Texas, wird der junge Stevie und ein paar Feuerwehrmänner von dem Black Cancer befallen. Sie werden unter mysteriösen Umständen weggebracht. Eine Woche später tauchen ihre Leichen bei der Explosion eines Hauses wieder auf.

Wie Mulder von Alvin Kurtzweil erfährt, waren die Menschen schon lange vor der Explosion tot. Die Explosion sollte dies nur vertuschen. Derweil wird immer offensichtlicher, dass nach der Schließung der X-Akten auch Mulder und Scully endgültig voneinander getrennt werden sollen.
Das Konsortium trifft sich in London. Man ist besorgt, dass der Black Cancer Virus mutiert ist und nun nicht mehr nur die Kontrolle über den Körper übernimmt, sondern in ihm einen völlig neuen Alien-Organismus erzeugt. In den Reihen des Konsortiums ist man unschlüssig, ob dies nur ein Zufall ist oder ob die Außerirdischen dies die ganze Zeit beabsichtigt hatten. Hier wird auch klar, dass Strughold der Kopf des Konsortiums ist und extra wegen dieser Krise aus Tunis einflog. Mulder und Scully fliegen, nachdem sie einen eigenartigen Leichnam untersuchen konnten, nach Texas. Dort stoßen sie auf riesige Kornfelder und einige Kuppeln, die sich bei genauerer Betrachtung als gigantische Bienenhäuser entpuppen.
Wieder in Washington erfährt Mulder von Kurtzweil, dass der Mais genetisch verändert wurde, um einen Virus in sich zu tragen, der von Bienen aufgenommen und weitergetragen wird. Derweil teilt man Scully mit, dass sie nach Salt Lake City versetzt wurde. Bevor sie aber ihren Dienst quittieren kann, wird sie von einer Biene, die sich in ihrer Kleidung verborgen hatte, gestochen. Sie fällt in eine Art Koma und wird von einem falschen Krankenwagen entführt.
Wenig später sucht Mulder Kurtzweil auf, stößt aber auf den Well Manicured Man, der wohl dafür gesorgt hat, dass Kurtzweil niemandem mehr etwas sagen kann. Von ihm erfährt Mulder, dass der Virus der ursprüngliche Bewohner dieses Planeten war und eine riesige Anzahl von Außerirdischen auf die Kolonisten gewartet hat. Das Konsortium half den Außerirdischen, weil es dachte, die Menschen würden von diesem Virus nur kontrolliert und dies immer noch besser sei als die totale Vernichtung. Nun könnte es aber sein, dass man von Anfang an getäuscht wurde und die Menschen nur als Brutkasten dienen sollen. Weiter erklärt er, dass die Bienen dazu da sind, den Virus zu verbreiten. Schließlich gibt er Mulder noch einen Impfstoff für Scully und nennt ihm die Koordinaten, zu denen er sich begeben muss. Daraufhin stirbt der Well Manicured Man scheinbar bei einer Autoexplosion.
Mulder begibt sich zu den Koordinaten und kann Scully tatsächlich auch befreien. Bei ihrer Flucht werden sie Zeuge davon, wie ein riesiges Raumschiff abhebt (Akte X - Der Film).
06. September 1998:
  In der tunesischen Wüste gedeiht ein weiteres Maisfeld, das einige Kuppeln umgibt. Der Raucher berichtet Strughold, dass Mulder wieder neue Motivation bei seiner Suche nach der Wahrheit erhalten hat. Das beunruhigt Strughold aber nicht, da ein Mann alleine die Zukunft nicht ändern kann. Da zeigt ihm der Raucher ein Telegramm, das von der Wiedereröffnung der X-Akten berichtet (Akte X - Der Film).
September 1998:
  Wieder in Washington erklärt Mulder Scully, dass sie den Dienst nicht quittieren kann. Nun, da es einen Impfstoff gegen diesen Virus gibt, müssen sie auch weiter nach der Wahrheit suchen, da dies unzählige Leben retten kann. Derweil werden in Texas sämtliche Beweise für die Verschwörung vernichtet (Akte X - Der Film).
In Phoenix stirbt ein Mann und hinterlässt eine Leiche, die den Eindruck erweckt, als wenn sich etwas seinen Weg aus seiner Brust heraus freigearbeitet hätte. Als er gefunden wird, attackiert ein Alien den Mann und tötet ihn. Mulder, der nach wie vor nicht den X-Akten zugeteilt ist, erhält von Skinner Hilfe, als ihm dieser eine Akte zukommen lässt, die genau von diesem Fall berichtet. Anstelle von Mulder und Scully sind nun Agent Spender und Agent Fowley den X-Akten zugeteilt.
Derweil informiert der Raucher das Konsortium, dass der Alien noch lebt und gesucht wird. Er schlägt vor, den kleinen Gibson Praise zu benutzen, um den Außerirdischen aufzuspüren. Mulder und Scully stellen eigene Nachforschungen an und finden eine Klaue des Aliens, das wenig später in einem Atomreaktor wütet. Als die beiden Agenten dorthin kommen, wird ihnen von Spender und Fowley der Zugang verweigert. Dafür finden sie Gibson, der jedoch kurz darauf wieder von einem Mann des Rauchers entführt wird. Mulder und Fowley finden etwas später abgestreifte Haut des Außerirdischen und werden Zeuge davon, wie Gibson und der Alien miteinander kommunizieren. Danach verschwinden beide.
Scully erklärt Mulder, dass die DNA aus der Klaue und die von Gibson einander sehr ähnlich ist. Überhaupt gleicht die DNA des Außerirdischen inaktiver DNA, die jeder Mensch in sich trägt und die bei Gibson aktiv ist. Der Raucher besucht Spender und gratuliert ihm zu seinem erfolgreichen Auftrag. Der Alien wirft ein weiteres Mal die Haut ab und anstelle der Reptilienhaften Kreatur steht nun einer jener grauen Außerirdischen da (Der Anfang).
November 1998:
  Mulder und Scully fahren in Richtung der Area 51 in Nevada, nachdem der Agent von jemanden kontaktiert wurde, von dem er sich die Wahrheit über UFOs und Außerirdische erhofft. Sie gelangen jedoch nicht nach Area 51, sondern werden zuvor von Morris Fletcher und seinen Leuten aufgehalten. In dem Moment fliegt ein UFO über ihre Köpfe und Mulder und Morris tauschen die Körper. Beide entschließen sich, nach diesen neuen Regeln zu spielen. Während Scully Morris mitnimmt und verschwindet, wird Mulder nach Area 51 gebracht.
Mulder versucht mit Scully Kontakt aufzunehmen, die ein äußerst merkwürdiges Verhalten bei Morris festgestellt hat. Er flirtet mit Kershs Sekretärin und verspricht Kersh, niemals wieder eine X-Akte zu untersuchen. Derweil findet Mulder heraus, dass der Effekt durch das Antriebssystem, das hier in Area 51 benutzt wird, zustande gekommen sein muss. Ähnliche Fälle häufen sich, wobei Lebewesen und anorganische Materie zur selben Zeit am selben Ort existieren.
In Area 51 sucht man nach einem Verräter, den man in Mulder gefunden zu haben glaubt. Tatsächlich ist es jedoch General Wegman, der Mulder kontaktiert hatte. Während Mulder versucht, seine Haut zu retten, muss Scully erkennen, dass sich ihr Mulder immer eigenartiger benimmt, weswegen sie dazu geneigt ist, den Behauptungen des echten Mulders, der sie angerufen und alles erklärt hat, langsam Glauben zu schenken.
Das die ganze Unternehmung letztlich sinnlos war, zeigt sich, als Mulder mit Wegman spricht, der nicht die geringste Ahnung über die Wahrheit hat. Die UFO ähnlichen Flugzeuge, die in Area 51 getestet werden, werden tatsächlich irgendwo in Utah gebaut. Als der General von Mulder wissen will, ob es Aliens wirklich gibt, wird klar, dass das ganze Unterfangen fruchtlos war.
Letztlich gelingt es allen Beteiligten, den Effekt der Raum-Zeit-Krümmung, der durch den Antrieb geschaffen wird, zu nutzen, um alles wieder in seinen ursprünglichen Zustand zu versetzen. Lediglich kleinere Details bleiben so, wie sie sich in den paar Tagen, die nun zurückgedreht wurden, entwickelt haben. Als Mulder nach Hause zurückkehrt, ist sein Apartment neu dekoriert und in seinem Schlafzimmer erwartet ihn ein Wasserbett (Dreamland).
Die Ereignisse dieses Zweiteilers sollte man nicht zu ernst nehmen, da hier zuallererst der Spaß im Vordergrund steht und schon beinahe eine Parodie auf die Mythologie der Serie daraus geworden ist. Immerhin sieht man hier einen Teil der Verschwörung, der nicht die geringste Ahnung hat, was überhaupt vor sich geht und nichts anderes als besserer Handlanger ist.
1999:
  Skinner wird ein Gift verabreicht, das ihn innerhalb von 24 Stunden töten wird. Mulder und Scully helfen ihm, herauszufinden, warum dieser Anschlag auf ihn verübt wurde. Dabei stoßen sie auch auf Senator Matheson, der Mulder erklärt, er habe nichts mit der Sache zu tun. Später jedoch, nachdem der Mann, der Skinner dies offensichtlich angetan hat, tot ist, erklärt Matheson, dass es hier um eine eigentlich noch nicht existierende Technologie geht. Nanotechnologie, winzig kleine Roboter, die für verschiedenste Zwecke benutzt werden und die offensichtlich in Skinners Blutkreislauf injiziert wurden.
Gegen einen solchen Angriff sind Mulder und Scully machtlos. Skinner stirbt, aber in dem Moment drückt ein Mann auf einer Fernbedienung, einen Knopf und deaktiviert die Naniten, woraufhin Skinner sich wieder erholt. Obwohl Skinner auf dem Totenbett Scully gegenüber erklärt hat, er bereue es, den beiden nicht mehr geholfen zu haben, hat er sich nun entschieden, dass dieser Fall auf sich beruhen gelassen und nicht weiter untersucht wird.
Wenig später trifft er auf Krycek und will von ihm wissen, was das sollte, warum dieser ihn infizierte und dann rettete. Aber noch ist Krycek nicht bereit, Skinner das zu sagen (S.R. 819).
Februar 1999:
  Einige Doktoren unternehmen an Cassandra Spender Experimente, die mit einem Erfolg enden. Die Freude ist jedoch kurz, da ein gesichtsloser Außerirdischer auftaucht und die Doktoren verbrennt. Der Raucher erzählt seinem Gast von der Verschwörung und dem Plan, der nun durch die Einmischung der außerirdischen Rebellen zu zerfallen droht.
Cassandra hat den Angriff der Rebellen überlebt. Im Krankenhaus spricht sie mit Mulder und erklärt ihm, dass die Frau, die er letztes Jahr getroffen hat, nicht Samantha war. Zudem erklärt sie, dass die Außerirdischen das Universum für sich erobern wollen und alle Lebensformen mit der schwarzen Substanz Purity infizieren, die im Endeffekt ihre eigene Lebenskraft ist. Der Raucher beruft eine Notfallbesprechung des Konsortiums ein. Dabei nimmt auch ein Mitglied des Konsortiums teil, das von einem gesichtslosen Außerirdischen ersetzt wurde. Dieser stimmt nun dafür, dass das Konsortium den Rebellen helfen sollte, aber Krycek wirft ein, dass die Zusammenarbeit mit den Kolonisten die Zeit bringt, um über eine Gegenwehr nachzudenken. Derweil finden Mulder und Scully heraus, dass der Raucher auch unter dem Alias C.G.M. Spender bekannt ist und mit Cassandra verheiratet war. Spender gelingt es, Mulder und Scully suspendieren zu lassen. Das erfreut den Raucher aber nicht unbedingt und er wirft seinem Sohn vor, dass er im Vergleich zu Fox Mulder ein Nichts ist. Er gibt ihm den Auftrag, den gesichtslosen Alien, der das Konsortium infiltriert hat, zu töten, aber Spender versagt, weswegen Krycek aushelfen muss. Als Spender sieht, wie der Außerirdische stirbt, wird ihm klar, dass seine Mutter über all die Jahre die Wahrheit gesagt hat. Krycek setzt noch einen drauf, als er Spender erklärt, er schütze jenes Projekt, das für die Schmerzen seiner Mutter verantwortlich sei.
Es wird klar, dass der Raucher dies alles seiner Vertrauten Diana Fowley erzählt, die ihn noch nie enttäuscht hat. Cassandra flieht derweil aus dem Krankenhaus und sucht Mulder auf. Sie bittet ihn, sie zu töten, da dies die einzige Möglichkeit ist, um die Kolonisation zu verzögern (Zwei Vater). Mulder zielt auf Cassandra, aber bevor er abdrucken kann, tauchen mehrere Männer in Eindämmungsanzügen auf und nehmen alle Anwesenden mit, da die Gefahr der Infektion durch eine unbekannte Krankheit besteht. Sie werden nach Fort Marlene gebracht, wo Cassandra von ihnen getrennt wird und Fowley erklärt, dass das CDC (Center for Disease Control) von Spender gerufen wurde. Krycek berichtet dem Raucher, dass die Rebellen nun zugeschlagen haben, weil Cassandra ein Erfolg war und damit die Kolonisation unmittelbar bevorsteht. In Fort Marlene findet Mulder Marita Covarrubias, die ihm erzählt, dass sie mit dem Schwarzen Krebs infiziert wurde, um den Impfstoff zu testen. Ihm wird klar, dass das Konsortium mit den Außerirdischen zusammengearbeitet hat, um sich Zeit zu erkaufen. Wenig später lässt Scully Fowleys Hintergrund untersuchen und findet heraus, dass sie zwar offiziell zur Terrorismusbekämpfung in Europa eingesetzt war, es jedoch keine Aufzeichnungen dazu gibt. Vielmehr wohnte sie vielen UFO Treffen bei und flog jede Woche einmal nach Tunesien, was den Verdacht nahe legt, dass sie mit der Verschwörung zusammenarbeitet.
Mulder sucht Fowley zu Hause auf, trifft aber auf den Raucher, der ihm erklärt, dass sie alle jemanden aufgeben mussten, den sie lieben, um sich so die Zeit zu erkaufen, einen Weg zum Sieg zu finden. Er sagt Mulder, dass es nun zu spät ist. Sie konnten einen Alien-Mensch-Hybriden schaffen, weswegen die Kolonisation beginnen wird. Mulder kann sich jedoch zusammen mit ihm retten, wenn der Ausnahmezustand aufgrund des Ausbruchs des außerirdischen Virus ausgerufen wird. Er drängt Mulder, sich zu retten und gibt ihm einen Zettel, auf dem lediglich die Worte ,,EI Rico Air Base" stehen.
Die Mitglieder des Konsortiums und ihre Familien sind nach West Virginia aufgebrochen, wo sie von den Außerirdischen abgeholt werden sollen. Derweil trifft Spender auf Marita, die ihm helfen will, seine Mutter zu retten. In West Virginia warten die Konsortiumsmitglieder darauf, dass alle eintreffen, um daraufhin das Signal zu senden. Als Cassandra eintrifft, erkennt keiner, dass der Doktor bei ihr tatsächlich ein gesichtsloser Außerirdischer ist. In dem Moment landet ein Raumschiff, was für Verwirrung sorgt, da das Signal noch nicht gegeben wurde. Der Raucher und Fowley ergreifen die Flucht, als die gesichtslosen Außerirdischen die Mitglieder des Konsortiums umringen und töten.
Später in den Hallen des FBI setzt sich Spender dafür ein, dass Mulder und Scully wieder den X-Akten zugeteilt werden. Kurz darauf trifft Spender auf seinen Vater, den er abgrundtief hasst. Traurig, dass er das tun muss, aber nichtsdestotrotz entschlossen, erschießt der Raucher seinen eigenen Sohn und verlässt das Gebäude (One Son). 
1999:
  Mulder trifft auf Arthur Dales, derjenige, der nicht beim FBI war und erfährt, dass die Eltern der Brüder nicht sehr kreativ waren und einfach beiden Söhnen denselben Namen gaben. Dales erzählt ihm die Geschichte eines grauen Außerirdischen, der Baseball so sehr liebte, dass es ihn tatsächlich zum Menschen machte (Ex).
April 1999:
  Die Lone Gunmen wollen sich in eine Convention, bei der es um Black Ops-Technologie geht, einschleichen. Das klappt nicht, aber sie stoßen erneut auf Suzanne Modeski, die inzwischen wieder für Advanced Weapons Facility arbeitet, aber nach wie vor vorhat, das, was diese Firma tatsächlich tut, bloßzustellen. Damals half ihr Grant Ellis, der die Firma von innen heraus bekämpft. Beide lieben einander und wollen am letzten Tag der Convention an die Öffentlichkeit gehen. Die Gunmen bitten Scully um Hilfe.
Die Situation wird immer unübersichtlicher, als bewusstseinsverändernde Drogen, an denen Suzanne mitgearbeitet hat, verwendet werden, um Menschen dazu zu bringen, das zu tun, was man will. Am Ende jedoch gibt es ein Happy End. Grant Ellis wird zwar erschossen, aber da man auch Suzanne für tot hält, kann sie endlich ein neues Leben beginnen.
Mai 1999:
  Dr. Merkmallen glaubt an die These ,,Panspermia", nach der das Leben auf der Erde seinen Ursprung im Weltall hat. Als er ein Fragment findet, das auch eine Inschrift enthält, fühlt er sich in seinem Glauben bestärkt. Tage später trifft er sich mit Dr. Sandoz, der ein ähnliches Fragment gefunden haben soll. Tatsächlich ist dies aber nicht der echte Sandoz, der Merkmallen tötet. Skinner gibt Mulder und Scully den Auftrag, den Tod des Mannes zu untersuchen. Mulder sieht hierbei wieder die Möglichkeit der Suche nach der Wahrheit, die Scully nach dem Tod der Konsortiums-Mitglieder für beendet hält. Mulder denkt da anders, da noch einige leben und er auch seine Schwester wiederhaben will. Bei ihrer Untersuchung stoßen sie auf ein Foto, das Sandoz mit Albert Hosteen zeigt. Da es Mulder zunehmend schlechter geht, besteht Scully darauf, dass er sich erholt, während sie mit Albert, der an Krebs erkrankt ist, spricht. Ohne dass sie es wissen, hat Skinner ihr Treffen auf Video aufgenommen und das Band Krycek übergeben. Mulder ist sich sicher, dass das Fragment tatsächlich Merkmallens These bestätigen könnte, aber Scully will das nicht glauben .
Noch während sie in New Mexico ist, erhält sie einen Anruf von Skinner, der ihr berichtet, dass Mulder in die Psychiatrie eingewiesen wurde. Man hat festgestellt, dass seine Gehirnaktivität unnatürlich hoch ist. Scully kehrt nach Washington zurück. Bei einem Gespräch mit Skinner scheint es so, dass dieser mehr weiß, als er durch die Berichte von Scully eigentlich wissen dürfte.
Daraufhin untersucht sie Mulders Apartment nach einer Kamera. In diesem Moment ruft Sandoz sie an und erklärt, dass die Zeichen auf dem Fragment Gensequenzen sind. Noch während sie sprechen, wird Sandoz von Krycek erschossen.
Scully bricht auf, um die Stelle zu untersuchen, an der Merkmallen das Fragment gefunden hat. Dabei findet sie eine weit größere Struktur, die offensichtlich ein UFO ist (Artefakte).
Oktober 1999:
An der Elfenbeinküste studiert Scully das Äußere des Raumschiffs. Hier erhofft sie sich auch herauszufinden, was Mulders Krankheit verursacht hat. Probleme gibt es mit Dr. Barnes, der zu der Ausgrabungsstätte gekommen ist, da er sich hier die Antworten auf all die Fragen, die ihn sein ganzes Leben beschäftigt haben, erhofft. Wie sie später herausfinden, befinden sich bei den Inschriften auf dem UFO auch Auszüge aus der Bibel, dem Koran und anderen religiösen Quellen. Dr. Barnes handelt zunehmend irrationaler.
Da er für Scully und eine andere Doktorin gefährlich wird, verschwinden die Frauen. Später fliegt Scully nach Hause, während Barnes getötet wird. In Washington zeigt sich, dass Mulders Gehirn so aktiv ist, dass er nicht schlafen kann. Bei einer kurzen Begegnung mit Skinner kann Mulder ihn auf Michael Kritschgau aufmerksam machen. Kritschgau besucht Mulder und erkennt seinen Zustand. So wie er haben sich schon Menschen bei CIA Experimenten bezüglich ESP benommen. Er gibt ihm eine Droge, die seinen Zustand verbessert. Mulder lässt gegenüber Skinner verlauten, dass ihm bewusst ist, dass Skinner von Krycek erpresst wird.
Skinner und Kritschgau versuchen, Mulder aus dem Krankenhaus zu bringen, aber ein plötzlicher Anfall verhindert dies. Mulder fällt in einen katatonischen Zustand, in dem Agent Fowley mit ihm spricht und gesteht, in Diensten des Rauchers zu stehen. Als Scully in Washington ankommt, besucht sie Mulder. Das Raumschiff an der Elfenbeinküste verschwindet (Böse Zeichen).
Der bewusstlose Mulder befindet sich in den Händen des Rauchers und träumt von einem besseren Leben. Derweil sucht Kritschgau Scully auf und erklärt, dass der Virus, mit dem Mulder vor zwei Jahren infiziert wurde, wieder ausgebrochen ist. Gleich darauf erhält sie einen Anruf von Skinner, der ihr erklärt, dass Mulder verschwunden ist.
Bei sich zuhause trifft Scully auf Albert Hosteen, der sie eindringlich darauf hinweist, dass sie Mulder finden muss. Dieser wurde, wie es scheint, vom Raucher und Tina Mulder aus dem Krankenhaus gebracht. Der Raucher glaubt, dass Mulder der ideale Kandidat ist, ein Mensch-Alien-Hybride zu werden, da er auf den Virus, der mit dem Schwarzen Öl kommt, immun ist. Wenig später lässt der Raucher genetisches Material von Mulder entnehmen und sich selbst injizieren. Er möchte, so es nötig ist, für Mulder übernehmen. Derweil wird Kritschgau von Krycek getötet.
Kurz darauf erhält Scully einen Tipp, wie sie Mulder finden kann. Tatsächlich kann sie ihn aufspüren, auch wenn vom Raucher und den anderen jede Spur fehlt. In der kommenden Woche erholt sich Mulder, aber Albert Hosteen stirbt. Wie Mulder Scully berichtet, befand er sich bereits seit mehr als zwei Wochen im Koma. Im Gegenzug muss Scully Mulder sagen, dass Fowley tot ist, vermutlich ermordet, weil sie ihr beim Auffinden Mulders half (Tausend Stimmen).
November 1999:
  Ein Wissenschaftler der Defense Advanced Research Agency tritt mit Scully in E-Mail-Kontakt. Er stellt in Aussicht, ihr Forschungen zu übergeben, die Krankheiten beenden und Menschen unsterblich werden lassen könnten. Tatsächlich korrespondiert dieser Wissenschaftler jedoch nicht mit Scully, sondern mit Agenten des Rauchers (Cobra).
Februar 2000:
  Amber Lynn LaPierre, ein junges Mädchen, wird entführt. Mulder interessiert sich für den Fall, da er Grund zu der Vermutung hat, dass er ihm Aufschlüsse über das Verschwinden seiner Schwester geben könnte. Er und Scully untersuchen den Fall, aber als sie wieder nach Washington kommen, erwartet Mulder eine böse Überraschung. Seine Mutter, die zuvor noch versucht hat, ihn zu erreichen und auf seinem Anrufbeantworter eine Entschuldigung darüber zurückließ, dass noch soviel zwischen ihnen unausgesprochen ist, hat Selbstmord begangen.
Um seinen Schmerz zu vergessen, vertieft sich Mulder noch tiefer in die Arbeit, was umso mehr gilt, nachdem zweifelsfrei erwiesen wurde, dass seine Mutter tatsächlich selbst ihrem Leben ein Ende gesetzt hat. Bei seinen Nachforschungen erfährt er von den ,,alten Seelen", die auf Kinder aufpassen, denen Schreckliches im Leben bevorsteht, weswegen sie sie vor diesen Ereignissen schützen. Später finden Mulder und Scully die Leichen von einigen unschuldigen Kindern, die brutal ermordet wurden (Alte Seelen).
Mehr denn je ist Mulder darauf versessen, herauszufinden, was mit seiner Schwester geschehen ist. Mulder findet im Besitz seiner Mutter ein Dokument, das zeigt, dass die Suche nach Samantha 1973 auf Geheiß des Rauchers abgebrochen wurde. Während Scully vom Raucher, der krank ist, erfährt, dass dieser die Suche abblies, weil er glaubte, Samantha sei tot, sucht Mulder auf eigene Faust weiter.
Es gelingt Mulder, ein Tagebuch ausfindig zu machen, das offensichtlich von Samantha stammt. Es stammt aus dem Jahr 1979 und berichtet von Tests, die an dem damals 14-jährigen Mädchen vorgenommen wurden. Mulder und Scully finden schließlich heraus, dass Samantha ihren Häschern entkommen konnte und in einem Krankenhaus unterkam, wo man sich um sie kümmerte. Von einer der damaligen Krankenschwestern erfahren sie, dass ein Mann, offensichtlich der Raucher, Samantha abholen wollte, doch das Mädchen war verschwunden. Mulder erkennt endlich, dass Samantha damals, 1979, starb und ihre Seele nun bei jenen alten Seelen ist (Sternenlicht).
März 2000:
  Der Raucher tritt an Scully heran. Er bietet ihr ein Allheilmittel gegen jede Krankheit auf Erden, doch sie muss mit ihm kommen. Ohne Mulder etwas zu sagen, unternimmt sie mit dem Raucher eine Reise, nach der sie auf jenen Wissenschaftler trifft, der das Allheilmittel, unter Verwendung außerirdischer Mittel natürlich, gefunden hat und glaubt, schon seit Monaten mit ihr in Kontakt zu stehen. Am Ende scheint der Raucher Scully hereingelegt zu haben, denn der Wissenschaftler wird umgebracht und die CD-Rom, die er ihr gab, erweist sich als wertlos. Der Raucher selbst scheint jedoch die richtige CD-Rom zu haben, die er vernichtet, obwohl sie nicht nur ihn, sondern jeden Menschen auf Erden heilen könnte (Cobra).
Ende Mai 2000:
  In Bellefleur, Oregon, stürzt ein UFO ab. Der Raucher, der im Sterben liegt, lässt Krycek von Marita Covarrubias aus einem stinkenden Gefängnisloch befreien. Krycek soll für ihn nach dem Schiff suchen. Damit kann die Verschwörung dann von neuem begonnen werden, was umso wichtiger ist, da die Außerirdischen zurück auf die Erde kommen.
Mulder und Scully erfahren von Billy Miles, der vor sieben Jahren entführt wurde und den sie damals kennen gelernt haben, von der erhöhten UFO Aktivität in Bellefleur. Mulder sucht abermals nach Beweisen, mit denen er der ganzen Welt offen legen kann, dass es außerirdische wirklich gibt. Wie sich bald zeigt, treiben Krycek und Covarrubias ein doppeltes Spiel, da sie Skinner und Mulder von den Machenschaften es Rauchers unterrichten. Als beide wieder zum Raucher kommen, stößt Krycek ihn die Treppe hinunter, wo der alte Mann scheinbar tot liegen bleibt.
Während Mulder darauf besteht, dass Scully in Washington bleibt, da in Bellefleur jene Menschen entführt werden, die schon einmal das Opfer Außerirdischer wurden, finden Scully und die Lone Gunmen heraus, dass die Entführungsopfer tatsächlich Menschen sind, die ein Stadium der erhöhten Gehirnaktivität erlebt haben, also genau das, was Mulder vor wenigen Monaten durchmachte. Scully eilt nach Oregon, doch sie kommt zu spät. Mulder wird entführt.
Scully und Skinner schwören, dass sie ihren Freund wiederfinden werden. Auf Scully wartet eine weitere Überraschung, sie ist schwanger, obwohl dies medizinisch nicht möglich sein sollte (Alles beginnt in Oregon).
Juni 2000:
  Skinner gibt ein Statement über Mulders Verschwinden ab. Assistant Director Kersh wird zum Deputy Director ernannt und ist somit Skinners Vorgesetzter. Er teil Agent John Doggett den X-Akten zu. Der skeptische Agent soll Fox Mulder aufspüren. Scully findet heraus, dass Mulder tödlich krank war und mit seinem baldigen Ableben gerechnet hat. Bei der Suche nach Mulder stoßen Doggett und Scully auf Gibson Praise, der von einem Mann entführt wird. Die beiden Agenten nehmen die Verfolgung auf (Verschwunden).
Doggett glaubt, dass Mulder Gibson entführt hat, doch handelt es sich bei dem Mann tatsächlich um einen Gestaltwandler. Doggett wird immer mehr bewusst, dass er aus einem ganz bestimmten Grund zu den X-Akten gebracht wurde. Kersh setzt darauf, dass er sie ein für allemal im wahrsten Sinne des Wortes zu den Akten legt, doch hat der Deputy Director nicht mit der Integrität des Agenten gerechnet. Mulder ist weiterhin ein Gefangener der Außerirdischen (Gibson Praise).
Februar 2001:
  Doggett und Scully werden auf den Fall von Kath Haskell aufmerksam, deren Kind nach der Geburt entführt wurde. Haskell hat eine ähnliche Vergangenheit wie Scully, Entführung durch Außerirdische, Krebs, schwanger, obwohl sie das eigentlich nicht sein dürfte, weswegen sich Doggett um seine Kollegin Sorgen macht. Knowle Rohrer, ein alter Freund von Doggett, ist in die Sache verwickelt und längst nicht mehr Herr über sich selbst (Frucht des Leibes).
Doggett und Scully suchen weiterhin nach Mulder. Sie stoßen dabei auf den Absalom, der einen UFO-Kult führt. Bei diesem Kult befindet sich auch Jeremiah Smith, der seine Kräfte nutzt, um Kranke zu heilen, darunter auch Entführte, an deren Körpern offenbar herumexperimentiert wurde. Agent Monica Reyes, die an das Übersinnliche glaubt und eine alte Freundin von Doggett ist, ist ebenfalls mit dem Fall beschäftigt. Die Agenten finden Mulder, dem es äußerst schlecht geht (Es ist zu spät).
Mai 2001:
  Doggett erhält das Angebot, die X-Akten zu verlassen, was gleichzeitig auch mit einer Beförderung einhergehen würde. Er entscheidet sich jedoch dagegen, da einige Fragen in Bezug auf Mulders Entführung für seinen Geschmack noch immer nicht zufriedenstellend gelöst worden sind. Billy Miles taucht wieder auf und zieht eine Spur des Todes hinter sich her. Krycek bietet Skinner einen Weg an, wie man Mulder retten kann, er hat einen Impfstoff gegen den Alienvirus, der Mulder langsam in ein anderes Wesen verwandelt. Als Gegenleistung verlangt er, dass Skinner dafür Sorge trägt, dass Scully ihr Kind nicht austrägt. Scully findet jedoch einen anderen Weg, Mulder zu helfen. Dieser erwacht schließlich im Krankenhaus (Lebendig tot).
Mulders tödliche Krankheit ist verschwunden, sein Leben geht weiter. Kersh entscheidet sich jedoch, Mulder nicht mehr bei den X-Akten einzusetzen. Diese unterstehen weiterhin Doggett. Doggett trifft auf Absalom, der sich langsam in die Ecke gedrängt fühlt und den Agenten beschwört, dass die Invasion längst begonnen hat. Mulder untersucht auf eigene Faust diese X-Akte, bei der es um einen Beamten geht, der offenbar Beweise für die anstehende Invasion hatte. Der Agent sicher, dass Doggett an der Verschleierung der Wahrheit arbeitet. Die Phrase ,,Fight the Future" bekommt enorme Bedeutung, ist sie doch ein Passwort für bisher nicht zugängliche Dateien. Die Information führt jedoch in eine Sackgasse und Doggett muss sich fragen, wie vertrauenswürdig Rohrer eigentlich ist (Drei Worte).
Mulder untersucht ein neues Aufkommen des Black Cancers, auch wenn er inoffiziell zu Werke schreiten muss. Eine Ölbohrplattform scheint der Mittelpunkt des Ganzen zu sein. Bei einem der Opfer des Black Cancers stellt Scully bei einer Autopsie fest, dass der Alienvirus abgestorben ist. Mulder und Doggett arbeiten in dieser Angelegenheit zusammen. Die Ölbohrplattform wird schließlich außer Betriebes genommen, um eine weitere Ausbreitung des Black Cancers zu verhindern. In gewisser Weise ein Erfolg, doch Kersh sieht das anders. Mulder nimmt die Verantwortung auf sich, er verlässt das FBI, auf dass Doggett weiterhin nach der Wahrheit suchen kann (Sie kommen).
Billy Miles taucht erneut auf. Er tötet Doktor Lev, der bei Zeus Genetics arbeitet und Scullys Gynäkologe war. Mulder sucht Doggett auf. Er braucht seine Hilfe, um den Fall untersuchen zu können. Mulder spekuliert, dass Billy eine neue Art Alien-Mensch-Hybride ist. Wenig später wird die Leiche von Haskell gefunden, dessen Frau man einige Monate zuvor das Baby entführt hat. Wie sich herausstellt, wurde im Geheimen an einem Klon-Projekt gearbeitet, wobei auch Scullys Kind ins Gespräch kommt. Mulder ist davon überzeugt, dass Scully in Lebensgefahr schwebt. Billy jagt hinter Scully her und die beiden Agenten erhalten ausgerechnet von Krycek Hilfe. Der erklärt, dass es noch weitere Wesen wie Billy gibt, die Scullys Baby fürchten, da es etwas Größeres als sie sein könnte und dass die Wahrheit unterdrückt werden muss. Doggett und Reyes kommen dazu, um Scully zu helfen. Reyes und Scully müssen vor Billy fliehen, der hier vernichtet wird (Einer von vielen).
Billy ist aber nicht tot. Aus den wenigen Überresten, die zurückblieben, bildet sich langsam ein neuer Körper. Reyes und Scully fliehen weiterhin, während Mulder und Doggett nach einem Weg suchen, wie sie Billy aufhalten können. Auch Krycek und Rohrer wollen helfen, doch beide haben ihre eigenen Pläne. Als Billy Krycek und Skinner attackiert, wird der Assistant Director schwer verletzt. Als er später wieder aus dem Krankenhaus entlassen wird, kommt er gerade rechtzeitig, um bei einer Auseinandersetzung zwischen Mulder und Krycek ein für allemal dafür zu sorgen, dass das Wiesel kein Unheil mehr anrichten kann. Skinner schießt Krycek eine Kugel in den Kopf. Scully ist in den Wehen. Gerade in dem Moment werden sie und Reyes von Billy und anderen wie ihm angegriffen. Als Scully das Kind zur Welt bringt, ziehen sich Billy und die anderen zurück.
Kersh ist mit dem Bericht alles andere als zufrieden und fragt sich, was Reyes überhaupt bei den X-Akten zu suchen hat. Doggett erklärt, dass er sie hinzugezogen hat, da von seiner Seite aus eine Ermittlung gegen Kersh läuft. Dieser hat sich nämlich mit Rohrer und noch jemandem getroffen, die nun beide verschwunden, möglicherweise sogar tot sind. Scully nennt ihren Sohn William (William).
Carl Wormus gabelt in einer Bar eine schöne schwarzhaarige Frau auf. Als er mit ihr in seinem Cabrio losfährt, sorgt sie dafür, dass er den Wagen über eine Brücke und in einen Fluss steuert. Gerade als er sich aus dem Wagen befreien will, hält sie ihn zurück. Doggett muss sich mit dem Wormus-Fall beschäftigen, sucht aber gleichzeitig weiter nach Beweisen gegen Kersh und seine Verbindung zur Verschwörung. Agent Reyes trifft auf den neuen Assistant Director Brad Follmer, mit dem sie einst eine Liaison hatte. Derweil ist Mulder verschwunden und Doggett trifft Lage auf Shannon McMahon, eine ehemalige Kollegin und die Frau, die Wormus getötet hat. Sie ist eine Supersoldatin (Unter Wasser).
Doggett wird von McMahon gerettet, die ihm erklärt, dass sie und Knowle Rohrer die Prototypen eines Supersoldatenprogramms sind. Seitdem gab es jedoch unzählige andere, die ebenfalls verändert wurden. Bei den Ermittlungen findet Doggett heraus, dass die Hintermänner dieses Projekts die Wasserversorgung mit Chloramin verseuchen wollen, was für Menschen unschädlich ist, aber deren Nachkommen die Fähigkeiten von Supersoldaten verleiht (Adam und Eva).
07. Januar 2002:
  Scully wird von einem Ehepaar kontaktiert, dessen Tochter ebenso wie Scullys Sohn William außergewöhnliche Kräfte zeigt, die wohl auch durch das Supersoldatenprogramm ausgelöst wurden. Sie wollen mit Mulder sprechen, der sich seit einiger Zeit versteckt hält, wobei nur Scully weiß, wie sie ihn kontaktieren kann. Wenig später trifft Scully auf den mysteriösen Shadow Man, der sie offenbar seit sehr langer Zeit observiert. Auch er möchte Mulder treffen, da es unheimlich wichtig ist, mit ihm persönlich zu sprechen. Scully arrangiert ein Treffen an einem Bahnhof, wobei sie und der Shadow Man darauf warten, dass Mulder per Zug eintrifft. Da taucht der Mann auf, der Scully zuerst kontaktiert hat. Er mochte den Shadow Man töten, da er weiß, dass er Übles im Schilde führt, doch wird er selbst von diesem niedergestreckt. Auf Grund der Schießerei fährt der Zug am Bahnhof durch und ein neuerliches Treffen mit Mulder wird verhindert (Schattenmann).
Frühjahr 2002:
  Kersh zitiert Scully in sein Büro und zeigt ihr einige Bilder, die sie für ihn entziffern soll. Scully stellt sich dumm, erklärt Doggett und Reyes später jedoch, dass diese Bilder für Worte stehen, die sie schon einmal auf der Hülle eines Raumschiffs gesehen hat und dass diese Worte enorm mächtig sind. Scully erklärt, dass die Übersetzung anhand religiöser Texte und wissenschaftlicher Dinge wie der Elemententabelle zustande kam und praktisch das Wort Gottes enthalten könnte, was alles, das die Menschheit glaubt, auf den Kopf stellen würde. Doggett findet Informationen über den Mann, von dem Kershs Bilder stammen. Es ist Comer, ein FBI-Agent, der Undercover in einer UFO-Sekte gearbeitet hat und möglicherweise die Seiten gewechselt hat. Scully ist sich sicher, dass dieser Kult ein weiteres Ufo gefunden hat. Comer versucht wenig später, William zu töten, doch Scully kommt ihm zuvor. Bevor er bewusstlos wird, erklärt er, dass Scullys Sohn sterben muss. Scully gibt ihren Sohn den Lone Gunmen, doch diese werden von einer Frau attackiert, die dem UFO-Kult angehört (Warnungen).
William wurde entführt und Doggett, der von der Frau angefahren wurde, liegt im Koma. Die Gunmen finden heraus, wo der Junge ist. Derweil spricht Scully mit dem verletzten Comer und erfährt, dass Josepho, der Anführer des UFO-Kults, ihm nichts tun will. Er glaubt, dass das UFO ein Tempel des Göttlichen und William ein Wunderkind ist, doch er darf nicht zulassen, dass William dem Pfad seines Vaters folgt und sich den Aliens entgegenstellt. Darum müssen entweder William oder Mulder sterben und Comer ist sicher, dass Mulder bereits tot ist. Josepho kontaktiert Scully und trifft sich mit ihr. Er erklärt ihr, dass Giganten auf der Erde wandeln, die Supersoldaten. William wird sie eines Tages anführen, doch um seine Bestimmung erfüllen zu können, muss Mulder tot sein. Josepho fordert von Scully, ihm Mulders Kopf zu bringen und so ihren Sohn zu retten. Scully bekommt William zurück, Doggett erwacht aus dem Koma und Comer stirbt. Er wird von einem Supersoldaten getötet, der in Diensten von Deputy Director Kersh steht (Die Prophezeiung)
David Miller sucht Doggett und Scully auf. Er ist schwer entstellt. Doggett glaubt, dass es sich bei ihm um Mulder handelt, doch in Wahrheit ist der Mann Jeffrey Spender. Er hat William eine Injektion verabreicht, die ihn schützen soll, da sie ihn normal sein lässt. Im Verhör erklärt Spender, dass William durch die Injektion vor der Verschwörung sicher sei, aber diese immer versuchen würden, ihn wieder zu dem zu machen, was er einstmals war. Er erklärt weiter, dass sein Vater versagte, die Kolonisierung durch die Außerirdischen zu verhindern, weswegen er die ganze Welt in den Abgrund reißen wollte. Indem er, Jeffrey, nun William verändert hat, hat er die Kolonisierung ein weiteres Mal aufgehalten und damit seinem Vater ein letztes Schnippchen geschlagen. Scully entschließt sich, William einer Pflegefamilie zu geben, da er nur so ein friedliches und normales Leben wird führen können (William).
Die Lone Gunmen geben ihr Leben, als sie einen Terrorakt aufhalten, der Hunderttausende töten könnte. Langly, Byers und Frohike werden in Arlington zur letzten Ruhe gebettet (Helden).
Mai 2002:
  Mulder wird angeklagt, Knowle Bohrer ermordet zu haben. Ein Schauprozess findet statt, bei dem Marita Covarrubias, Gibson Praise, Jeffrey Spender Agent Reyes, Agent Doggett und Agent Scully für ihn aussagen. Dennoch wird Mulder zum Tode verurteilt. Es gelingt ihm jedoch die Flucht, nach der er in einem Navajo-Reservat auf den Raucher trifft, der hier seit ein paar Jahren lebt und als weiser Mann geschätzt wird. Er erklärt, dass es immer seine Intention gewesen ist, Mulder zu schützen. Kurz darauf gibt es einen Raketenangriff auf den Unterschlupf des Rauchers. Er stirbt. Ebenso hält man Mulder und Scully für tot, doch beide erfreuen sich noch bester Gesundheit. Mulder hat endlich die Wahrheit herausgefunden. Am 22. Dezember 2012 wird die letzte große Alien-lnvasion starten, ein Datum, das in den Kalendern der Mayas für das Ende steht (Die Wahrheit)
22. Dezember 2012:
  Die letzte Welle der Alien-lnvasion hat begonnen. Kann die Menschheit noch gerettet werden?